油菜按照植物学特征、遗传亲缘关系及农艺性状分为白菜型油菜（Brassica rapa）、甘蓝型油菜（Brassica napus）和芥菜型油菜（Brassica juncea）。

一般认为亚洲是白菜型油菜的起源中心。在距今8200年前的中国甘肃秦安大地湾一期遗址就发现油菜籽的残骸。从中国陕西省西安半坡社会文化遗址中发现油菜籽或白菜籽，距今有6000～7000年。印度公元前2000～前1500年的梵文著作中已有关于“沙逊”油菜的记载。欧洲地中海地区是甘蓝型油菜的起源中心。甘蓝型油菜是一个比较年轻的物种，由白菜和甘蓝在6800～12500年前通过自然杂交和加倍而形成异源四倍体。对该物种的驯化及种植可追溯至3000多年前，最初被驯化为叶用的蔬菜类型和饲料类型，在13世纪被驯化为以榨油为目的的油料作物。由于自然界中还未发现甘蓝型油菜的野生种质资源，其起源和进化的研究一直是一大难题。最新研究发现，约7000年前，甘蓝型油菜由地中海地区白菜品种里的欧洲芜菁，和苤蓝、花菜、西兰花、中国芥蓝等4种甘蓝的共同“祖先”杂交合成。经过多代繁衍，这些“祖先”先后杂交出适应不同生长条件、具有不同特点的多个甘蓝型油菜品种。芥菜型油菜起源于亚洲，中国是其原产地之一。印度和中国收集的资源最多。芥菜型油菜可以分为中国-东欧类型和中国-印度类型两大类，每一类中均存在较大的遗传变异。