从产品价值而言，大部分异养型养殖方式属于将低值动植物蛋白转化为高值动物蛋白的养殖方式。

整体来说，异养型水产养殖系统的能量来源主要是饲料，养殖过程消耗水体溶解氧、排放二氧化碳，往系统中释放营养盐、加速水体富营养化。从养殖系统营养物质投入的角度来说，以投饵和施有机肥料为主的异养型养殖水域易引发水环境失衡情况。在系统内，投入的人工饲料一部分被养殖动物摄食，另一部分散失在水体中，散失的饲料和养殖动物排泄物的生态作用相当于有机肥料。有机肥料作用速度慢，其分解可使水体的pH、溶解氧、氧化还原电势下降，二氧化碳含量增加。因此，异养型养殖系统通常会出现自养生物光合作用过弱，异养生物分解作用过强，易产生缺氧“泛塘”现象。

异养型水产养殖系统在生产过程中通常会增加大系统的营养负荷。比较常见的异养型养殖系统包括吃食性鱼类网箱养殖系统、工厂化养鱼系统等。由于人工饲料的投入，使得异养型养殖系统中除牧食链、腐屑链外，在食物关系中又增加了饲料链，从生态系统的角度来看其最显著的特点是养殖的动、植物在生物群落中占绝对优势，这一优势是在人工扶持下形成的，它们的变动对水体的生物和理化环境有较大影响。养殖动物在系统中的主要食物链较短，直接从人工饲料到对虾，这一方面保证了较大的经济产品的输出量，同时也决定了该系统的生态缓冲能力低下和脆弱性。对虾池塘养殖系统是尤其典型的例子，其庞大的养殖动物生物量造成生态金字塔畸形，系统中生物多样性指数降低，水质时常出现较大波动，仅靠天然初级生产和自然系统的调节远远不足以维持该系统的稳定，还需要其他人工辅助措施如饲料投入、换水、增氧或生物调控措施等。

在异养型水产养殖系统中，系统的生产力（渔产力）主要受到水质条件的制约，水质调控成为该系统产量提高的关键。该系统由于饲料的利用率有限，导致每年向邻近水域排放或自身沉积大量有机污染物，大量的氮、磷积累成为该系统的负担。

国际上水产养殖对环境的污染问题受到越来越多的关注，其中大部分与异养型养殖系统有关，比如鲑网箱养殖和对虾高密度养殖。随着异养型养殖系统集约化程度的提高，养殖系统产量大幅度提高，直接的经济效益也会大幅度增加。但是与此同时，人力、电力和物质投入都相应增加，对养殖水体中的天然初级生产力几乎不再利用，不再依赖生态系统对水质的自然调节作用，成为相对而言的高碳养殖系统。

为维持更多“异养型”高端产品的养殖，在具体的操作层面，①需要开发新的水产养殖蛋白源，如南极磷虾资源、鱼粉替代品等，减少对鱼粉等营养物质的消耗量。②需要提高饲料的利用效率，特别是提高肉食性养殖动物对植物蛋白的利用率。③开发与利用环保型饲料。④开展养殖水循环利用来处理养殖废水。⑤优化养殖模式与养殖布局，开展离岸设施养殖，利用海洋系统的天然自净能力避免异养殖型养殖造成的近岸环境问题。通过这些手段提高异养型养殖系统生产力与环保兼顾的目的，促进价值增值。