同行评议在学术期刊出版界被广泛认可并普遍采用，编辑一般通过期刊的联络网、审稿人资料库，或从论文作者投稿时所推荐的外审名单中挑选同行评议专家。有些学术期刊发表的所有论文都经过同行评议，因而被称为同行评议期刊。

关于期刊同行评议的起源目前尚无定论。有的研究者认为期刊同行评议源于专利同行评议，也有研究者主张期刊同行评议与专利同行评议是平行发展的。可以确认的是，自从17世纪英、法、德等国开始出现专门性学术期刊以来，期刊同行评议的实践即已开始。18世纪30年代，爱丁堡皇家学会在其出版的《医学论文与观察》（Medical Essays and Observation）的创刊号中，明确规定来稿将“按主题分配给精通该方向的学会会员审阅，其身份对作者隐匿，不印刷记录评审过程”，成为早期采用同行评审的期刊典范。

期刊同行评议制度在第二次世界大战结束之前并未获得足够广泛的普及，大多数顶级学术期刊倾向于直接聘用学术研究领域的专家担任编辑，而不是向外部寻求帮助。直到第二次世界大战结束，期刊同行评议才逐渐普及并制度化。20世纪60年代，同行评议制度被科研共同体广泛接纳。人们普遍承认：同行评议是一项由科研共同体做出有关科学真理评判的制度；它遵循科学界内部承认引领社会承认的原则，促成科学界内部的民主管理和共识决策；它是评价学术贡献、提升学术质量、审查学术成果的关键，对确保科学出版物的学术水平和学术规范有着极为重要的积极作用。

当然，同行评议也会带来一些问题。同行评议的结果受评审专家主观影响较大，且这种主观性很难通过有效手段加以监控，因此会出现评议者个人认识水平抹杀创新性研究，“学术关系网”和“门户之见”影响评议结果等问题。因此，编辑部选择同行评议专家须考虑学派因素，对于专家反馈意见应加以辨识和采择，还可以通过引入匿名审稿制度帮助提升审稿的公正性。

根据同行评议的匿名方式，一般可以把同行评议分为单盲同行评议（single-blind review）、双盲同行评议（double-blind review）和开放式同行评议(open peer review)。前两种组织形式统称为传统同行评议(traditional peer review)，区别在于单盲同行评议仅向作者隐匿评审人身份；而双盲同行评议同时还向评审人隐匿作者身份。20世纪90年代以来，网络投审稿系统的开发与普及催生了开放式同行评议组织模式，一些开放存取型专业期刊突破了传统同行评议模式，开始向电子化、网络化转变。这些面向全球免费开放存取的平台，为学术论文带来了去中心化的同行共议，允许作者可以根据审稿意见数次修改论文，并重新上传。开放式同行评议模式已有上百种具体的组织形式，但相当一部分都要求审稿人向作者公开身份。还有平台引入了AI（artificial intelligence; 人工智能）辅助审稿制度，开放审稿人之间、作者和审稿人之间的互动，甚至将原稿、修改稿、评议报告、审稿人和作者之间的互动全部实时公开。

当代同行评议制度已经进入多元评议模式共存的新阶段，并不断向着过程更透明、技术更智能、决策更公平的方向发展。