19世纪末20世纪初，植物形态学家报道了不同物种的胚胎学相关工作，包括大小孢子发生、胚珠和花粉形成、精卵细胞行为、传粉和受精、胚胎发育、胚乳发育及无融合生殖等现象，促使人们思考这些现象在不同物种中的普遍性及在进化上的意义，从而产生了植物比较胚胎学。1950年，美国植物学家D.A.约翰森^[注]在其著作《植物胚胎学：种子植物胚胎发生》（Plant Embryology: Embryogeny of the Spermatophyta）中概括了被子植物胚胎发生的规律和类型。1955年，英国植物形态学家C.W.沃德洛^[注]概述了当时已知的主要植物类群的胚胎发育特征，包括藻类、苔藓、蕨、裸子植物和被子植物，出版了《植物胚胎发生》（Embryogenesis in Plants）一书。1992年，由印度植物学家联合撰写的《被子植物比较胚胎学》（Comparative Embryology of Angiosperms）出版。该专著总结了近5000份植物胚胎学相关论文的研究成果，系统完善了植物比较胚胎学，对前人观察不准确、解释不合理的内容做了注解。

主要研究在植物分类上有价值的形态结构差异。例如，不同物种在雌雄配子体发生、受精过程、胚胎发育早期的细胞分裂模式、胚乳核分裂与细胞化等过程中的细胞学和组织学差异。通过分析比较不同物种的胚胎学特征进行系统发育研究，探讨植物的进化历程。随着基因组测序技术的发展，植物比较胚胎学研究也从早期的形态描述发展到了基因组时代。据统计，至2017年已完成全基因组测序的植物多达120种。这些数据为分析植物系统进化与物种起源提供了大量的参考依据。

植物比较胚胎学研究不仅丰富了人们对植物起源和物种多样性的认识，拓宽了胚胎学研究的深度与广度，也为植物分类和植物系统发生的研究提供了线索。分子生物学技术和基因组测序在植物比较胚胎学中的应用无疑为深入研究植物系统发生及有性生殖的起源提供了新思路。但植物比较胚胎学分子水平的研究仍以少数代表性物种为主，随着更多物种的比较胚胎学和基因组的系统解析，探索物种起源与演化将会进入新的阶段。