生物安全实验室由其所隔离的微生物的危险程度确定。中国于20世纪90年代初曾制定有微生物危险度标准。2004年颁布了《病原微生物实验室生物安全管理条例》。2005年和2006年又颁布了动物间和人间的病原微生物分类，共分为4类。①一类，属高度危害性。指能够引起人类或动物非常严重疾病的微生物，以及中国尚未发现或已经宣布消灭的微生物。②二类，属重度危害性。指能够引起人类或者动物严重致病，比较容易直接或间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。③三类，属低度危害性。指能够引起人类或动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。④四类，属微度危害性。指危险性小，低致病、实验室感染机会少的兽用生物制品、疫苗生产用的各种弱毒病原微生物，以及不属于一、二、三类的各种低毒力的病原微生物。

美国、日本等国家生物危险度分类的高低正好和中国的相反，4级危险度最高。各国一直沿用美国国立卫生研究所（NIM）的由低到高分类，即由P1到P4。世界各国生物安全实验室标准由低到高分为4级。

生物安全实验室根据所操作致病性生物因子的传播途径可分为a类和b类。a类指操作非经空气传播生物因子的实验室；b类指操作经空气传播生物因子的实验室。b1类生物安全实验室指可有效利用安全隔离装置进行操作的实验室；b2类生物安全实验室指不能有效利用安全隔离装置进行操作的实验室。

生物安全实验室是通过防护屏障和管理措施，达到生物安全要求的微生物实验室和动物实验室，包括主实验室及其辅助用房。生物安全实验室和外部环境的隔离称为二级隔离（二级屏障），有别于使用生物安全柜实现操作者和被操作对象之间隔离的一级隔离（一级屏障）。

生物安全实验室与室外方向上相邻相通房间的最小负压差由负10帕～负25帕。

微生物安全实验室以BSL-1……BSL-4表示；动物安全实验室以ABSL-1……BSL-4表示。