云内清除分为气体和气溶胶两类。

气体物质，如硝酸、氨气、二氧化硫等气体可以通过溶解在云滴中被清除。对于谱分布为的液滴来说，不可逆溶解物如硝酸等气体的本地清除速率为：

式中为清除系数。对于溶解性很强的气体，可以假设云滴对气体的吸收极快，所需的时间远远低于气体在云中的移动特征时间。对于那些溶解性稍弱的气体（如二氧化硫），液体对气体的吸收是个较为复杂的过程，不仅取决于气体本身的性质，还与云滴谱分布、其他可参与液相反应的物质成分（如过氧化氢）以及可控制液滴的pH值的成分（比如氨气）有关。

气溶胶颗粒物的云内清除主要包括两个过程。一是核化清除，即气溶胶颗粒物作为云凝结核，通过长大成云滴和雨滴形成降雨被带到地表。核化清除是一种比较有效的清除方式，可以大大地减少气溶胶质量浓度。二是气溶胶颗粒物和云滴的碰并，即气溶胶粒子通过布朗运动和湍流运动与云滴碰并。粒径小于0.01微米的气溶胶颗粒物均难以核化，几乎都经该碰并机制进入云滴。这种清除过程相对而言比较慢，通常只能清除很小的一部分气溶胶颗粒物。

云内清除过程对酸雨的形成有重要作用。根据对云内清除过程中的数值模拟计算，云内清除过程是雨水中氢离子的重要来源之一。测量也表明，受污染大气中云滴的酸度通常已经很高。