海图编号用阿拉伯数字和字母按一定的原则和规律排列，便于海图的检索、使用和保管。不同国家有不同的海图编号方法。一般情况下，图号的位数由1～6位数字组成，每位数代表不同的含义，有的指地理区域，有的指比例尺区间，有的指海图编号的先后顺序。多数国家除航海图外，其他类型专用海图编号通常是在数字前或后缀以字母，如图号：Y5022。

国际海图在图号编排上采用2～4位数字组成：小比例尺（1∶1000万）海图采用两位数字编号，第1位为图幅所在的洋区编号，第2位为序号。中、大比例尺海图在全球内统一分幅，将全球分成8个一级区（南极水域分区待定），每一个一级区又分为若干个二级区，其中，中比例尺（1∶425万～1∶100万）海图采用三位数字编号，第1位数字为一级区号，第2、3位为顺序号；大比例尺（1∶100万及更大）海图采用四位数字编号，第1位数字为一级区号，第2位数字为二级区号，第3、4位数字为顺序号。

美国航海图编号方法由5位数组成，前两位数字表示全世界的9个一级区。每个一级区按地理区域顺序又分成9个二级区。海图号第1位数字表示一级区号1～9，第2位数字表示二级区号1～9，其余3个数为海图顺序号。美国全部航海图编号为11000～99999。美版其他编号的海图为各种特殊用图、小比例尺大洋图、空白图等。

英国海图图号属任意编号，但相近比例尺相连海域成套海图图号基本相连。普通海图图号范围为1～4999，5000以上为各种杂图，如海图图式为5011。

中国航海图采用3～5位阿拉伯数字编号，前两位数字表示全世界的9个一级区。每个一级区按地理区域顺序又分成5～9个二级区。第1位数字为一级区号，第2位数字为二级区号，后3位数字表示地理顺序号。中国全部航海图编号为101～99999。非航海用图（专用海图）采用5位数字编号，首位数为“0”，后4位用不同的数段表示不同种类的海图，例如：航行参考用图为01000～01999，海洋科研用图为02000～02999，工作专用图为03000～03999，形势图为04000～04999。

电子航海图（ENC）的编号规则与纸质海图不同，国际海道测量组织制定的电子航海图产品规范，给出了ENC单元的编号规则，要求ENC单元按8个字节进行编号。其中第1、2字节标识生产者；第3字节标识航海用途，分别用数字“1～6”代表不同用途，“1”代表概要图，“2”代表一般图，“3”代表沿海图，“4”代表近岸图，“5”代表港口图，“6”代表锚泊图；第4到第8字节用于单元编码，可由生产者随意用来给出唯一的文件名。如果不用数字字符，只能用大写英文字母。一个有效的ENC单元文件的名称在世界范围内是唯一的。