1993年1月1日，捷克成为独立的主权国家。随着政治形势的变化，捷克电影出现了因改制和私有化带来的产权混乱、经营不善等状况，位于捷克布拉格的巴兰道夫电影制片厂遭遇困境。J.斯维拉克、J.霍布雷克、S.戈蒂昂、P.泽伦卡、D.昂德利克等年轻一代的导演就在这种变动的局面中成长起来。斯维拉克执导的《青青校树》（1991）曾获第64届美国电影奥斯卡奖最佳外语片奖提名，《柯里亚》（1996）获第69届美国电影奥斯卡奖最佳外语片奖。霍布雷克执导的《甜蜜的永远》（1999）通过片中少年的视角讲述了1967年两个布拉格家庭间发生的充满温情而令人惆怅的故事，《分道不扬镳》（2000）讲述的是生活在小镇上的一对夫妇不顾纳粹分子的威胁，保护并救助从集中营逃回的邻居的故事。V.米切尔执导的《秋天里的春光》（2001）讲述了一位年届垂暮的剧场工作者不甘于衰老和庸碌的家庭生活，偕同以前的同事到处假扮他人、妙趣横生的经历。T.沃瑞执导的《布拉格狂想曲》（2005）全片无对白，依靠场面调度和演员风格化的表演展现出布拉格一家人独特的生活面貌与活力。老一辈导演J.门泽尔执导的《我曾侍候过英国国王》（2006）改编自捷克作家B.赫拉巴尔的小说，在第57届德国柏林国际电影节上获费比西奖。J.斯凡克梅耶是捷克著名的动画电影导演和编剧，他的作品如《浮士德》（1994）、《极乐同盟》（1996）、《贪吃树》（2000）、《疗养院》（2005）、《幸存的生命（理论与实践）》（2010）等，采用真人和黏土、陶瓷人偶等相结合的方式，从潜意识层面探索现实中存在的怪诞与疯狂，在世界范围内产生了深远的影响。

从2010年开始，捷克电影委员会通过运营电影基金来提振产业和文化氛围，以确保捷克作为欧洲最活跃的电影制作中心之一的地位。由于其深厚的电影文化传统以及特殊的地理位置，《间谍游戏》（2001）、《谍影重重》（2002）、《天降奇兵》（2003）、《地狱男爵》（2004）、《007：大战皇家赌场》（2006）、《纳尼亚传奇2：凯斯宾王子》（2008）、《蜘蛛侠：英雄远征》（2019）等大制作合拍片都选择在捷克取景拍摄，或是有捷克电影人参与制作。

捷克比较重要的电影节和电影奖项有创办于1946年的卡罗维发利国际电影节，创办于1968年的皮尔森电影节以及1994年首次颁发的捷克电影电视雄狮奖，创办于2002年的国际动画电影节。