农用水可分为农田灌溉水、畜禽饮用水、水产养殖水。不同用途农用水的评价指标和标准各不相同。

农田灌溉水水质评价指标包括五日生化需氧量、化学需氧量、悬浮物、阴离子表面活性剂、水温、pH、全盐量、氯化物、硫化物、总汞、镉、总砷、铬（六价）、铅、铜、锌、硒、氟化物、氰化物、石油类、挥发酚、苯、三氯乙醛、丙烯醛、硼、粪大肠菌群数、蛔虫卵数29项。参照GB 5084标准，分别对水作、旱作和蔬菜等三大类作物进行评价。

畜禽饮用水水质评价指标包括色、浑浊度、臭和味、总硬度、pH、溶解性总固体、硫酸盐、氟化物、氰化物、砷、汞、镉、铬（六价）、铅、硝酸盐、总大肠菌群16项。参照NY 5027标准，分别畜和禽进行评价。

水产养殖水水质评价指标包括色、臭、味，漂浮物质，悬浮物质，pH，溶解氧，生化需氧量，汞，镉，铅，铬（六价），铜，锌，镍，砷，氰化物，氟化物，硫化物，非离子氨，凯氏氮，挥发性酚，磷，石油类，丙烯腈，丙烯醛，六六六，滴滴涕，马拉硫磷，五氯氛钠，乐果，甲胺磷，甲基对硫磷，呋喃丹和总大肠菌群33项。参照GB 11607标准进行评价。

农用水质量的评价方法有单指标评价法、模糊综合评价法、灰色聚类法、属性综合评价法和人工神经网络法五类。其中，单指标评价法是实际工作中应用最广的方法，其计算公式为：

式中为环境中污染物的单项污染指数；为环境中污染物的实测值；为污染物的评价标准。当≤1，环境指标未超标；当＞1，则环境指标超标，判定为不合格。