生于纽约州布隆克斯，卒于纽约州布法罗。1937年毕业于纽约市立学院。1939年获哥伦比亚大学文学硕士学位。1955年获马里兰大学数学博士学位。1940～1942年在人口统计局当统计员。1942～1943年和1946～1947年，先后在美国空军中当雷达指挥员。1947～1961年任美国海军实验室物理学专家，1962～1970年任数学专家。1970～1972年，任布法罗医学基金会数学专家。1972年起，任该会副会长兼研究部主任。1970年起，兼任纽约州立大学布法罗分校生物物理学教授。

豪普特曼主要从事X射线晶体学中的相角问题和矩阵理论的研究。X射线衍射是研究晶体结构的重要手段。20世纪50年代以来，豪普特曼和J.卡尔勒用统计数学方法研究了晶体的衍射数据，发现其中隐含有相角的信息。他们经过大量的工作，推导出衍射线相角的关系式，可直接从衍射强度的统计中得到各衍射线相角的信息。这就是晶体学中的直接法。1950～1955年，他们用这种方法确定了五六种分子结构。70年代，借助先进的电子计算机运算，不用假设就能迅速确定分子的化学结构，如果用人工计算，需用几年的时间。他们的成果为探索新的分子结构和化学反应提供了基本方法。因与卡尔勒合作建立测定晶体结构的直接法，他与卡尔勒共获1985年诺贝尔化学奖。