建立杂种种子园要考虑生产杂种亲本的配合力和花期，尽量选择配合力高，花期相近，且存在杂种优势的亲本材料建立杂种种子园。其特点是利用两个亲本间的杂交优势生产具有生长和抗性优势的杂种，用于生产和推广。例如，东北林业大学构建的杂种落叶松种子园，主要是利用落叶松的种间生长量、抗性、材质等杂种优势。

杂种种子园还包括杂种无性系种子园。杂种无性系种子园是采用遗传基础好、结实能力强的杂种无性繁殖苗木营建的，以生产具有杂种二代优势的林木种子为目的的种子园，属于第二代种子园中的一类。