松果体是起源于间脑顶部第三脑室正中线末端向外突出的突起。松果体的发生可经历胚胎期和出生后发育两个阶段。

人胚第6周，松果体原基处的室管膜上皮增厚，形成松果体板，以后逐渐发育为一个薄壁的憩室。胚胎第7周，松果体憩室明显突出，发育为松果体囊。松果体囊分为前壁和后壁，二者之间为松果体室。胚胎第8周，松果体囊的前后两壁增厚形成前叶及后叶，以后两叶逐渐融合并且变薄，松果体室最终消失，形成松果体隐窝，与第三脑室相通（见图）。松果体与间脑相连处形成松果体柄。包裹在松果体原基表面的间充质长入，形成小梁，将腺体分隔为不规则的小叶。丘脑上部的神经细胞发出神经纤维，穿入松果体内。

松果体发生示意图

胚胎发育第6周，松果体原基中室管膜层的细胞向外套层迁移，呈滤泡状排列。胚胎第8周，开始出现松果体细胞；到第5个月，松果体细胞明显增生，排列成团索状；第6个月，松果体细胞分化明显，细胞质内含有线粒体、内质网、高尔基复合体、中心粒、脂肪内含物及糖原颗粒；随着胚胎龄的增大，细胞器也随之增加；胚胎发育第8个月，松果体细胞已近似成年型，细胞之间出现中间连接与桥粒，并开始分泌褪黑素、加压素和催产素等。 交感神经的分支在胚胎发育第3个月初开始长入松果体，第5个月进入腺实质，其轴突末端与松果体细胞接触。胚胎发育第3个月，松果体内的间质细胞分化为神经胶质细胞，属于星形胶质细胞，细胞质嗜碱性强，有丰富的游离核糖体和微丝，微管稀少；核呈长椭圆形，染色质浓密。

在生后的2～3周内，松果体实质由弱嗜铬性的大细胞和强嗜铬性的小细胞组成，前者形成明区，后者形成暗区，两个区域互相重叠，故新生儿的松果体实质呈镶嵌状，这种状态一直维持到出生后6个月。小细胞是未成熟型，在出生后第9个月明显减少，幼年后期消失。成熟的松果体细胞体积大，伸出细长的突起，形状不规则，胞质内含嗜铬性颗粒，线粒体、内质网、高尔基复合体和微管发达。 3～5岁时，松果体接近成人的重量；7～8岁松果体发育达到高峰，以后逐渐减慢。青春期后松果体细胞明显退化，结缔组织增生，此时可见到一些纤维性星形胶质细胞。通常在10岁前后，由于基质的钙化，开始出现脑砂；脑砂大小不一，并随年龄的增加而增多。

松果体在发生和发育过程中，可引起松果体的先天畸形。