基督教在罗马帝国获得国教地位之后，神学院的雏形就已经开始出现，但历史上最早的神学院是出现于13世纪的索邦神学院，即今巴黎大学前身。其后，神学院陆续成立，并成为孕育现今西方大学教育的母体，只是今日有些神学院已经变成大学内部的学院机构，有些神学院则为独立存在的机构。基督教的神学院现广泛分布于天主教、东正教和新教三大支派中，名称略有不同。天主教界有时候会将神学院称为“大修道院”，一般学制为6年，以神学和经院哲学为主修方向，并因此而称为神学院、哲学院，合称为神哲学院。在新教中，各教派神学院的学制各有不同，且与世俗教育挂钩，如在高中毕业后就读于神学院，学制一般为4～5年，称为普通神学科；而在大学毕业后攻读的学制为3年的神学课程，一般就会被称为高级神学科，如果《圣经》课程为其主要学习内容，则会被称为“圣经科”。东正教神学院学制为4年，主要研究东正教的神学、经典、教义、历史和现状。中国大陆现在较为知名的神学院有燕京神学院、金陵协和神学院等。