生于乌拉尔地区奥伦堡州奥尔斯克市一个知识分子家庭，卒于罗斯托夫州克拉斯内村。父亲是一名建筑工程师，母亲是中学教师。二战结束后，全家随父亲迁往巴什基尔首府乌法附近的工业新镇切尔尼科夫斯克，并在那里上完中学，从小表现出对数学和国际象棋的天赋。1960年毕业于莫斯科大学数学物理系，随后进入莫斯科炮兵工程学院担任数学教师。1965年发表具有“青年自白小说”特征的处女作——长篇小说《直线》。1966年进入编剧和导演高级进修班，次年结业后曾短期在高尔基文学院任教。1968～1980年在“苏联作家”出版社工作。1969年加入苏联作家协会，走上职业作家的道路。

20世纪70年代，马卡宁着重描写在战后的温饱生活里，一些人如何成为以“中间人”为标志的新一代市侩，并展现其心路历程，主要作品有中短篇小说《老村庄的故事》（1973）、《克留恰廖夫和阿里姆什金》（1974）、《声音》（1977）、《逃跑的公民》（1978）、《透气孔》（1979）和长篇小说《肖像和周围》（1978）等。80年代的创作主要以当代苏联社会生活为背景，以冷峻理性而又略带嘲讽的远距离叙述笔调，描绘现代人庸碌无为的生存状态，反映其苦闷情绪和对精神家园的渴望，并常常将民间传说、神话故事、寓言故事等与现实情节相融合，代表作有长篇小说《先驱者》（1982）、《一男一女》（1987），以及中短篇小说《反首领》（1980）、《当随从的人》（1982）、《在那天空与山冈相连的地方》（1984）、《损失》（1987）、《落伍者》（1987）等。90年代的创作则从更广阔的历史和文化视角，对苏联及后苏联时期的俄罗斯社会现实进行反思，作品往往带有幻想、怪诞等超现实因素，代表作有中短篇小说《出入孔》（1991）、《铺着呢布、中央放着长颈玻璃瓶的桌子》（又译《审讯桌》，1992）、《高加索俘虏》（1998），以及被视为作家集大成之作的长篇小说《地下人，或当代英雄》（1998）。21世纪发表的两部长篇小说《惊恐》（2006；后由作家本人改编为《轰击》，于2018年作家去世后出版）和《亚山》（亦译《阿桑》，2008），因前者涉及老年人情色心理，后者涉及车臣战争，均引起很大争议。这一时期较为重要的作品还有短篇小说《夜……逗号……夜……》（2010）和长篇小说《两姐妹和康定斯基》（2011）等。

马卡宁的创作成果众多，其作品被译为20余种文字在多国出版，并获得了诸多奖项。其中，《铺着呢布、中央放着长颈玻璃瓶的桌子》获得1993年度俄罗斯布克奖；1999年，作家获得俄罗斯联邦国家奖；2008年，《亚山》获得大书奖。此外，作家还获得德国托普弗基金会的普希金奖（1998）、意大利彭内奖（1999）、法国斯特拉斯堡的欧洲文学奖（2012）等国外文学奖项。

马卡宁的小说创作在突破现实主义美学框架的同时，善于不拘一格、博采众长。20世纪70年代末和80年代初，他作为“四十岁一代”和“莫斯科派”的代表作家受到V.G.邦达连科等评论家的关注。90年代，由于在艺术手法上的大胆实验而常常被评论界视为俄罗斯后现代主义作家。90年代后期至21世纪，他又因融合了现实主义、现代主义和后现代主义等多种美学因素，被M.N.利波维茨基和V.N.库里岑等当代评论家称为俄罗斯文学“后现实主义”的主要代表。