一般在作物播种前进行土壤消毒。主要消毒措施包括：①物理措施。如太阳能消毒、蒸汽热消毒、热水消毒、暴晒消毒、火焰消毒。太阳能消毒指在高温季节通过较长时间覆盖塑料薄膜来提高土壤温度，借以杀死土壤中包括病原菌在内的许多有害生物。蒸汽消毒是将高压密集的蒸汽热能输送到土壤中，使土壤温度升高，杀死土壤中的病原生物。热水消毒是将过滤的70～95℃热水，以200升/米²的速度通过热水管或喷孔施于土壤表面。暴晒消毒是于夏季将土壤均匀平铺在水泥地面或其他硬质地面上暴晒至干透，此法适用于盆栽花卉的土壤。②化学措施。以活性很强的氧化剂或烷化剂，如溴甲烷、环氧乙烷、氧化丙烯、甲醛、氯化苦、棉隆、威百亩、二甲基二硫、异硫氰酸烯丙酯、硫酰氟、臭氧等进行土壤灭菌。③生物措施。具体措施有生物熏蒸、厌氧消毒和生防菌等。生物熏蒸是利用来自十字花科或菊科的有机物释放的有毒气体或含氮量高的有机物和畜禽粪便、几丁质含量高的海洋物品等产生氨来杀死根结线虫和病原菌。厌氧消毒包括为土壤添加碳源，然后安装滴灌和覆盖不渗透膜，使土壤处于一个厌氧的环境，之后再使土壤恢复有氧环境。生防菌中的拮抗菌有木霉（Trichoderma  spp.）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）等。