煤中微量元素虽然含量很低，但具有成因指示意义的微量元素（如B、U、U/Th、Sr/Ba等）可以指示煤层的形成过程、区域地质历史演化、构造背景、古气候和古地理特征等。当煤中微量元素富集到一定程度，就可以考虑其工业开发利用的价值，有的微量元素已经被开发利用（如Ge、U、Ga、Se、V等），有的微量元素在工业开发利用价值方面潜力巨大（如稀土元素、铂族元素等），煤中微量元素的开发利用（主要是从粉煤灰中提取），可以变废为宝、变害为利，实现煤炭经济的循环发展。煤中有的微量元素可以对环境和人体健康造成危害（如Hg、As、F、Se等），贵州地方病砷中毒就有由煤中高含量的砷造成的，贵州地方病氟中毒是由室内燃煤造成的，但是氟来源于拌煤黏土，而不是煤本身。