电子商务保税区主要运用在跨境电子商务方面，中国跨境电子商务主要分为企业对企业（即B2B）和企业对消费者（即B2C）的贸易模式。在B2B模式下，企业运用电子商务以广告和信息发布为主，成交和通关流程基本在线下完成，本质上仍属传统贸易，已纳入海关一般贸易统计。在B2C模式下，中国企业直接面对国外消费者，以销售个人消费品为主，物流方面主要采用航空小包、邮寄、快递等方式，其报关主体是邮政或快递公司，大多未纳入海关登记。

电子商务保税区对于进口品牌单证的审核，供货商的审核，品牌商的备案等等都越来越完善，主要表现在五个方面：①商家要入驻跨境试点，需要在保税区注册企业，向海关去申请试点资质，海关审批通过后方可进行；②商家所有的销售数据必须通过试点服务平台向监管单位申报；③货物进入保税区要报关报检，商检介入；④货物到岸及发出的全部流程处于监管范围内；⑤商品追回体系完备。

从电商企业角度看，通过保税仓集货模式（即电商平台或第三方商家直接备货到保税区后从国内保税区仓库直接发货）有助于提高通关速度、减少资金占用、降低贸易成本、增强企业竞争能力。从消费者角度来看，购买的商品有海关商检部门把关、货物安全、到货时间快，更因此省去了所购商品的国际端运费，所以价格实惠。