电子商务生态系统中各成员各司其职、相互交织形成完整的价值网络，物质、能量和信息通过这个价值网络在联合体内流动和循环,共同组成一个多要素、多侧面、多层次的错综复杂的商业生态系统。

电子商务生态系统中的“物种”分为三类，即骨干型、主宰型和缝隙型，每一生态位在该系统中具有不同的功能。主宰型企业决定该系统的健壮性及竞争力；缝隙性企业为主宰型企业的发展提供辅助性的支持。

骨干型企业是核心电子商务企业。骨干型企业决定该商业生态系统的类型及发展方向，是整个生态系统的灵魂，但是不直接为系统成员创造价值。该类企业通过提供平台、核心技术、交易标准等，来整合系统中的各种资源，协调各企业的相互联系。如阿里巴巴网站，提供交易平台，整合各类企业的交易信息，促成交易。

主宰型企业是关键电子商务企业。主宰型企业依附于核心企业的平台、技术或者标准，发布产品或服务信息，寻找买家或卖家，达成交易，是价值创造的主体。该类型企业的多少及竞争力的强弱直接影响了所在系统的健壮性及竞争力。处于该生态位里的包括消费者、零售商、生产商等，如入驻阿里巴巴的各类中小企业。

缝隙型企业是达成网络交易必须依附的各种组织机构。缝隙型企业包括促进商品流通的物流公司、资金流通的金融机构、提供网络支撑的电信服务商以及政府机构等，该层的组织机构并不依赖于电子商务生态系统，也并不仅仅向电子商务生态系统中的企业提供服务，但通过向电子商务生态系统中的主宰型企业提供服务，使自己获得远超过依靠自己竞争力能得到的利益。

对于生物生态系统而言，除了该系统中的各个主要物种，还存在一些寄生于各个物种周围的寄生物种，其从被寄生物种体内或环境中汲取营养。与此类似，电子商务生态系统中也存在着“寄生物种”，包括网络营销服务商、技术外包商等，他们的存在是以所服务企业的存在为前提的，如为淘宝网卖家宣传产品，吸引买家的淘客。