自永乐迁都北京后，明政府在北京不断增设仓库，储存粮米。到明朝中后期，京仓的数量达到56个。在皇城四门设立长安门仓、东安门仓、西安门仓、北安门仓。在皇城以外的有：旧太仓，内设献陵卫仓、景陵卫仓等11仓；新太仓，内设裕陵卫仓、茂陵卫仓等7仓；海运仓，内设泰陵卫仓、永陵卫仓等6仓；南新仓，内设府军卫仓、燕山右卫仓等8仓；北新仓，内设府军左卫仓、府军右卫仓等5仓；大军仓，内设永清左卫仓、旗手卫仓等4仓；济阳仓，内设金吾右卫仓和济阳卫仓2仓；禄米仓，内设彭城卫南新仓、府军前卫南新仓2仓；西新太仓，内设虎贲左卫仓、金吾后卫仓等4仓；太平仓，内设留守前卫仓和留守后卫仓2仓；大兴仓，内设大兴左卫仓。

京仓和通仓的粮食主要来自漕运，仓储数量不一，隆庆元年（1567），京仓存粮678万余石，万历六年（1578），则有1205万石。仓中粮米主要用于发放在京卫所官军月粮，有时也调拨作为边镇军储或赈济灾民。京仓最高管理机构为总督仓场，起初由户部尚书或侍郎兼任，后则专任。下设京粮厅，由户部郎中或员外郎任职管理，户部还在各仓派驻监督主事，负责监督仓储事务。