始建于朝鲜太宗初（1406），世祖九年（1463）基本完工，后随着园林的扩建和昌庆宫（与昌德宫相邻的离宫，分别为东阙、西阙）的修建，后苑为昌德宫和昌庆宫共用。壬辰倭乱时（1592），秘苑及大部分宫殿建筑被烧毁。又于光海君光海二年（1610）重建昌德宫时复修，并增建了太极亭、逍遥亭、清漪亭等亭榭。后经仁祖、肃宗、正祖、纯祖等历代国王续建，形成后苑总面积16万米²，约占昌德宫总面积2/3的规模。

园林背靠北岳山的梅峰，根据自然的地势，设有多处亭榭和莲池，整个园囿由4个山谷构成，分别建有芙蓉池、爱莲池、观缆池、玉流川等庭院。高宗时又加建了模仿士大夫居所的演庆堂区。各庭院从开放到幽静，从人工到自然，渐进过渡，一直延续到后山的鹰峰。

芙蓉池区是秘苑的第一处庭院，庭院以朝鲜普遍使用的方形莲池“芙蓉池”为中心，池中有人工建造的圆形仙岛象征天圆地方。围绕莲池建有芙蓉堂、四井记碑阁。芙蓉堂平面采用较为少见的大小两个“T”字形组合的形式，靠水池一侧平面伸出较长，石柱础立于池中。莲池西，靠路边为映花堂，映花堂东为春塘台，是国王试士与阅武之处。建筑采用符合礼制规制的三阶式前后廊歇山顶。与芙蓉亭相对的花台处为此庭院的主要建筑宙合楼建筑群，入口由主门庑殿顶鱼水门，和左右两个拱顶小格栅门组成，进门就是宙合楼所在的高台，宙合楼是正祖元年（1776）所建的周围廊式两层歇山顶楼阁，面阔5间、进深3间，一层奎章阁是专职书籍出版和学者治学的场所，二层宙合楼供奉御真、御笔、御制和王室家谱。其东侧书香阁，亦为王室藏书处，而高台偏西的最高处为可俯瞰全域的L字型亭阁千云亭，5处建筑，功能性格各异，分别以莲池为中心，互为对景，俯仰结合。

经过芙蓉池即为爱莲池区域，主要建筑为莲池北侧的方形攒尖顶亭“爱莲亭”，靠水面的两根柱子的石柱础，插入水面。莲池南，与爱莲亭相对的是书斋倚斗合区域，纯祖二十七年（1827）孝明世子将此院落用围墙封隔。倚斗合为面阔4间、进深两间，当心间为敞厅的非对称平面的书斋。歇山屋顶未施斗拱及彩饰，风格朴拙。韵馨居是倚斗合的辅助建筑，为仅有一间半规模的歇山屋顶建筑。

此区域是秘苑里最晚修建的。原有两个方形和一个圆形的池塘，在日本侵占时期改造成贯通的弧形池塘。称作“半岛池”或观缆池，由小拱桥分成两部分。前半池西岸建有扇形平面的“观缆亭”，近水面而建，两前柱的石柱础立于池中，对面与其遥相呼应的是东岸高处的方亭“胜在亭”，过桥，后半池南岸为1644年建造的重檐六角亭“尊德亭”，及山面斜对着桥的亭榭砭愚榭。

此区域的观览亭和胜在亭修建较晚，约建于19世纪后半叶到20世纪初。所以建筑形式灵活和自由，更具闲情趣味，观缆亭采用了体量小巧，灵活的扇形平面，柱细，各柱间由卷草纹落阳贯通，形成优美的景框，入口柱加柱联，匾额采用装饰性较强的蕉叶形状，突出了入口和亭子的精致感。胜在亭保持了韩国亭榭较为传统的建筑样式，建筑建在4个石柱础上，周围平坐除入口侧，其他3边各由4个细柱支撑，细柱既起到了支撑作用也衬托了亭子的体量感。砭愚榭为面阔3开间，进深一间规模，原来为组合建筑，东次间入口处有连廊与附属建筑连接，现附属建筑消失。东次间为地炕间，应为冬季休息使用，正心间和西次间则为半开敞式空间，建筑样式较为独特。尊德亭采用六边形平面，最初被称作六面亭，后改称尊德亭。原为单檐，后改为重檐。6个檐角均采用3根细柱支撑替代外檐柱，增加了建筑的层次感和轻盈感。顶棚采用了六边形藻井天花，绘制双龙戏珠彩画。

玉流川处在后苑北最深的山谷里。仁祖十四年（1636）将岩石开凿成小型人工瀑布。即玉流川的主景。并在此处仿造中国的“曲水流觞”设置了“流觞曲水宴”。并散建了逍遥亭、太极亭、聚奎亭、翠寒亭等多个小规模亭榭，其中太极亭和逍遥亭为攒尖顶四方亭与其他四角亭形制相似，聚奎亭、翠寒亭形制较为相似，为3开间歇山顶形制。其中清猗亭是位于一小块水稻田处，采用稻编制的茅草屋顶，是宫殿少见的草顶亭，为朝鲜国王行耕礼处。

昌德宫园林的设计建造充分利用了自然环境，将形制简单小巧、造型多样的亭榭巧妙地融入自然环境中，亦驻亦景。这种尊重自然、凝练自然的做法体现了朝鲜传统庭院的特点。由于建筑年代较久，保存良好，于1997年与昌德宫一并入选了世界文化遗产名录。