深部地质填图一般优先安排在已知重要成矿带或矿集区、重要城市经济区和重大工程建设区。

基于不同目标任务的深部地质填图其比例尺和方法手段各不相同。以揭示区域地壳岩石圈三维结构的深部地质填图一般采用较小比例尺，如1∶100万～1∶50万，其探测深度较大，一般可达莫霍面甚至岩石圈底界或更深层次，物探工作强调大型骨干剖面的探测，钻探主要针对关键部位关键问题实施深部钻探标定。围绕重要成矿带或矿集区深部找矿、重要城市经济区可持续发展有关的地质环境问题与地下空间利用和重大工程建设区等提供深部地质背景资料的三维地质填图一般采用中等比例尺，如1∶25万或1∶5万，其探测深度一般2～5千米以浅，部分重要目标地质体可根据具体要求加深探测。一定深度的面积型三维结构的揭示是其主要填图目的，因此，物探工作强调面积型与剖面性勘探方法的结合，钻探工作需要标定性钻孔与控制性钻孔的结合。