红树林生态系统是热带、亚热带海岸潮间带或河口处重要的生态系统，主要由红树科植物（灌木或乔木）及其伴生植物、藻类、动物、微生物及非生物环境因子共同组成。红树林的主要生态服务功能包括：①作为初级生产力生产有机物。②抗风消浪，造陆护堤。③固定二氧化碳（CO₂）和释放氧气（O₂），维持大气O₂平衡，减少温室效应。④提供动物栖息地，已记录红树林生态系统中栖息着各种动物13门26纲44科655种。⑤营养物质循环与养分积累。⑥降解污染物与防治病虫害。红树林可吸收二氧化硫（SO₂）、氯气（Cl₂）等其他有害气体，亦可净化水体中的汞等重金属元素，农药等。通过鸟类等动物与环境的复杂生态关系，还能有效地防治海岸生态环境病虫害。

据报道，世界上将近50%的红树林已被人类活动所改变或毁灭，据联合国粮食及农业组织估计，2000年全球红树林面积已不到1.5×10⁷公顷。许多国家的红树林面积与50年前相比减少了50%～80%，如2000年与20世纪50年代相比，菲律宾红树林面积减少了75%。据资料记载，1957年中国拥有红树林42000公顷，2016年红树林面积为20700公顷，较历史记载减少了一半左右。现有的红树林群落还表现出活立木株数减少、死亡率增高、郁闭度降低等退化现象，围塘养殖与海堤建设等人为活动也导致红树林资源减少，原滩涂生境破坏，地形地貌改变，使得系统的完整性缺失，稳定性降低，生物多样性减少，部分红树植物濒临灭绝，红树林生态系统服务功能大幅下降。

造成红树林生态系统退化的主要原因如下。

包括砍伐、污染物排放，尤其是将红树林生活区域用于工业、房地产开发、水产养殖。据估计，虾类养殖造成的红树林森林面积被破坏约占四分之一。此外，红树林被破坏的因素还包括转移其淡水来源的活动，如过度采集地下水、大坝建设，以及在潮滩上建造道路和排水渠等。

红树林生态系统主要分布于潮间带、潟湖或珊瑚礁上，对海平面上升极为敏感。海平面上升使红树林淹水时间和频率增加，影响红树林的生长和发育，同时使红树林不得不向陆地一侧后退。红树林生态系统能积聚泥炭和淤泥，这使它们有可能适应海面的上升。如果海平面的上升速度高于沉积速度的话，将出现某些红树林植被的重新分布，当平均潮高超过基质上升速度，则红树林将减少。研究发现海平面上升会影响广西海岸带红树林生态系统脆弱性空间，2010年红树林栖息地已受到较显著影响，高潮滩红树林面积减少60%以上，预测到2025年红树林栖息地面积会继续减少。

红树林物种在温度敏感性上有相当大的差异。专家认为气温高于25℃时，某些红树林物种的叶形成速率可能下降，超过35℃，红树林根的结构、苗的发育、光合作用将受到很大的负面影响，这意味着如果温度上升过高，可能对位于赤道附近的红树林不利，它们可能会向高纬度迁移。

盐度是决定海岸和河口的红树林物种分布的主要因子。降雨量直接影响潮间带水域和沉淀物的盐度，如果降水量减少，土壤的盐度就会增加，红树植物就会出现组织内盐水平增加和有效水量减少，导致单位叶面积的净同化速率的减小，最终生长减慢。

海区污染导致敌害生物泛滥，影响脆弱的红树林群落。如中国海南东寨港国家级红树林自然保护区由于团水虱爆发，在红树植物根部蛀蚀成密集孔洞，破坏根系结构。专家们认为虾塘养殖废水的排放和海鸭的养殖造成水体富营养化，导致团水虱大量爆发。在新英湾红树林自然保护区，则因红树林中常见的攀缘类伴生植物鱼藤（Derris trifoliata）迅猛繁殖覆盖，抑制原有红树林群落植物进行光合作用，导致了红树林植物个体数量急剧下降。

互花米草（Spartina alterniflora）是影响中国红树林最严重的海洋入侵物种，直接危害中国红树林的生态健康。此外，耐水淹、速生的外来红树植物无瓣海桑（Sonneratia apetala）和拉关木（Laguncularia racemosa）被引进中国，被大量用于红树林造林，也对本土红树林植物的生态安全带来了风险。

红树林生态系统退化的防治工作应从政策、科研、技术、应用等方面着手。中国红树林分布区域现有各级各类自然保护区共计28个，保护红树林湿地面积共26093.06公顷。其中，国家级保护区7个，省级自然保护区10个，市县级自然保护区11个。同时，还应加强红树林的保育工作，建立种质资源保育基因库和苗圃基地，加强红树林的动态监测，研究生态恢复技术等。