珊瑚礁生态系统是热带、亚热带海洋中的代表性生态系统，其结构组成包括造礁石珊瑚生物群体形成的底质、覆盖的水体及栖息其中的生物群落。

①维持生物多样性。珊瑚礁生态系统是全球生物多样性最丰富、初级生产量最高的生态系统之一。据估计全球珊瑚礁面积约为全球海域面积的0.1%～0.5%。已记录的礁栖生物达9.3万种，约占海洋生物总数的30%，包括多毛类、软体动物和超过2500种鱼类。健康的珊瑚礁系统每年每平方千米渔业产量达35吨，全球约10%的渔业产量源于珊瑚礁地区，在印度-太平洋等发展中国家则可高达25%。②维持生态平衡。珊瑚礁生物的迁移、生物化学过程和营养物质循环对于维持和促进全球碳循环及钙平衡有重要作用。③生态旅游观光。珊瑚礁是重要的生态旅游基地，据1994年统计，大堡礁每年的旅游收入约为6.82亿澳元，1990年加勒比海礁区的旅游收入达89亿美元。④海洋药物及工业原料开发。海藻、海绵、软体动物和某些珊瑚体内含有高效抗癌、抗菌的化学物质，有广阔的药物开发潜力；珊瑚骨骼在医学上可用于骨骼移植；很多海藻可用来提取琼脂和胶等工业原料；珊瑚礁系统内的碳酸钙常被用作建筑材料。⑤海岸线保护。珊瑚礁具有重要的防浪护岸效应，为海草、红树林以及人类提供安全保障。

20世纪90年代之后全球珊瑚礁持续衰退。珊瑚礁生态系统的退化主要表现在：①珊瑚礁面积缩减。2008年的研究估计，全球19%的珊瑚礁已经消失，另外17%可能会在随后的10～20年内丧失，只有46%的珊瑚礁处于健康状态，其中在东南亚威胁特别严重，在这里80%的珊瑚礁处于危险状态。中国由于沿岸开发、污染和过度捕捞，沿岸珊瑚覆盖率下降了80%以上。②珊瑚礁生态系统结构失衡，出现白化、钙化障碍、病害、生长受抑、生物多样性降低等。据2004年研究，大堡礁在过去40年中活珊瑚平均覆盖率由40%下降到20%，长棘海星爆发和白化事件不断上升。中国三亚鹿回头风景区内的珊瑚覆盖率从20世纪60年代的80%～90%下降到2018年的21.83%，其中生活的经济鱼类物种数大幅减少。③珊瑚礁生态系统服务功能下降。如加勒比海珊瑚礁已被世界自然保护联盟列入世界10大濒危生态系统，其珊瑚礁发生灾难性退化，活珊瑚平均覆盖率由1977年的50%下降到2001年的10%。当地2/3的珊瑚礁捕捞业、潜水旅游业和海岸防护服务业因此缩减，导致每年3.5亿到8.7亿美元的经济损失。

气候变化、海水酸化、病害、富营养化、栖息地破坏、水污染、过度捕捞等因素是造成珊瑚礁生态系统退化的主要原因。①海水表面温度升高。全球持续变暖，海水表面温度升高导致的珊瑚礁白化是造成当前珊瑚礁生态系统退化的最主要原因。研究表明礁区温度只要持续几周高出珊瑚生长极限温度1～2℃就可以导致珊瑚礁白化。②海水酸化。海洋每年吸收了人类活动产生的33%的CO₂，从工业革命时期以来海洋表面海水酸碱度下降了0.1。海水酸化明显降低了珊瑚有效钙化的能力，导致珊瑚骨骼疏松，礁体增长缓慢，降低珊瑚面对疾病、白化和风暴等灾害的抵抗性，而且还会影响到栖礁生物的生存能力。③人类活动。陆源污染、沿海建设海洋工程，导致珊瑚栖息地高浊度；过度捕捞珊瑚礁生态系统内的渔业资源、非法人为破坏珊瑚、非法贩卖珊瑚、制作珊瑚礁制品，以及过度旅游开发活动都会造成珊瑚生态系统的破坏。 

世界环境与发展大会发表的《21世纪议程》已明确将珊瑚礁生态系统列为被“保护和保存稀有或脆弱的生态系统”之一。主要保护措施有：①普及珊瑚礁生态系统知识，增强人们的保护意识。②建立保护区，保护珊瑚礁生态环境和生物多样性。1975年澳大利亚的大堡礁成为世界上第一个珊瑚礁保护区。中国已有两个珊瑚礁国家级自然保护区，分别是广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区和海南三亚珊瑚礁国家级自然保护区。③开展珊瑚礁修复的研究和实践工作。④加强对珊瑚礁的长期动态监测。