①对海湾水文动力学的影响：海岸工程的建立，使得海湾的纳潮量明显减小，并减缓了进出海湾的潮流速度，导致海水交换能力降低，削弱了海湾的自净能力。如广西防城港市城市总体规划实施后防城港内水体交换能力明显减弱，河流输沙和污染物等在港内滞留时间增加，防城港内淤积总量有增大趋势。

②对海水水质的影响：大规模的海岸工程会减小近海的纳潮量和环境容量，污染物排放入海后不易稀释扩散，导致海洋水质恶化。受海岸工程影响的海水水质质量主要因子包括：水温、盐度、酸碱度（pH）、悬浮物、溶解氧、化学需氧量（chemical oxygen demand，COD）、营养盐类、重金属、挥发性酚和硫化物等。如厦门西海域海岸工程累积环境影响评价结果显示，海岸工程建设使海域海水中的无机氮、活性磷和化学需氧量（chemical oxygen demand，COD）浓度比之前明显升高，使海水水质质量下降。

③对生态系统的影响：海岸工程产生的悬浮泥沙，导致局部海域水质混浊，使海水的光线透射率下降，溶解氧降低，对鱼类的天然饵料浮游生物的繁殖生长产生不利影响。海水透明度下降，溶解氧降低，不利于浮游植物的光合作用，进而影响浮游植物的细胞分裂和生长，使单位水体内浮游植物的数量降低，导致该水域内初级生产力水平下降；海水中悬浮泥沙增加，悬浮颗粒会黏附在浮游动物体表，干扰其正常的生理功能，尤其是滤食性浮游动物会吞食适当粒径的悬浮颗粒，造成内部消化系统紊乱。另外，悬浮颗粒会随鱼类的呼吸而进入鳃部，沉积在鳃瓣、鳃丝及鳃小片上，不仅损伤鳃组织，而且会隔断鱼类气体交换的进行，使鱼类呼吸困难，甚至窒息而死。此外，海岸工程还会对海底底质环境造成扰动，对底栖生物产生影响。

海岸工程的建设和运行给海洋环境造成了很大的影响，使得海洋生物多样性减少，海洋循环功能和自净能力下降等。因此，在建设海岸工程时，必须进行海岸工程建设环境影响评价，论证其必要性，尽量减少海岸工程的数量和规模。同时，在防治策略上，海岸工程的建设和运行必须以满足海洋环境容量为前提，科学选择海岸工程的位置，严格控制海岸工程运转过程中的废物排放。