基本原则是：把握时机，以改革试点的方式，采用与国际接轨的管理和运行机制，以国际一流科学家集体为基础，争取在尽可能短的时间内组建国际一流的基础生命科学研究所。北京生命科学研究所的主要任务是：进行原创性基础研究，同时培养优秀科研人才，探索新的与国际接轨而又符合中国发展的科研运作机制。

经过多方论证和调查，2005年9月由科技部、北京市政府、清华大学、国家发展和改革委员会、财政部、教育部、国家卫生健康委员会、中国科学院、国家自然基金委员会、中国医学科学院为主体组成理事会，共同管理北京生命科学研究所的筹建和运行工作。北京市政府和国家科技部负责具体实施和提供主要的资金。每届理事会任期3年。

研究所实行理事会领导下的所长负责制，理事会是研究所的决策机构。第一任科学指导委员会由理事会聘任国内外著名科学家组成。科学指导委员会是学术咨询机构，其主要任务是对研究所所长进行聘任前的学术评估，提出推荐意见；对研究所的研究工作做出评估并提出建议。每届科学指导委员会的任期为3年。研究所所长的聘任实行国际公开招聘，理事会发布招聘公告，并由理事会聘请的科学指导委员会进行评估、推荐后，由理事会聘任。科技部批准所长任职资格。所长必须在生命科学领域有世界领先水平的科研成果，且有很高的学术造诣和国际声誉。所长任期为5年，可以连任。2003年4月，理事会聘任美国得克萨斯大学西南医学中心的生物化学和细胞生物学家、美国科学院院士王晓东（1963～ ）和耶鲁大学植物分子生物学家邓兴旺（1962～ ）为北京生命科学研究所第一任共同所长。2009年10月，理事会聘任王晓东为北京生命科学研究所第二任所长。

实验室和科研辅助中心构成研究所科学研究工作主体，其中实验室为基本单位。实验室主任引用国际公开招聘的制度，经过所长聘请的评选委员会进行严格评估筛选后，由研究所所长批准。实验室主任聘任期为5年，实验室主任的工作将由科学指导委员会根据其学术水平和科研成果进行评审，同时所长结合其研究工作、对研究所的综合贡献和未来发展的需要来决定其是否进入下一期聘任。辅助中心主任由研究所所长指派或聘任。