运用可比的方法，在时间和空间上对特定区域范围内生态系统或生态系统组合体的类型、结构和功能及其组合要素等进行系统地测定和观察的过程。2020年11月24日生态环境部发布了《生态保护红线监管技术规范 生态状况监测（试行）》（HJ 1141—2020），规定了生态保护红线范围内生态状况的监测方式、技术流程、监测内容、监测指标及频次、监测方法和质量控制要求等。

按不同生态系统的角度分为：城市生态监测、农村生态监测、森林生态监测、草原生态监测、荒漠生态监测等。按检测对象及空间尺度分为宏观生态监测和微观生态监测。

生态状况监测不同于环境质量监测，生态学的理论及监测技术决定了它具有以下几个特点：①综合性。生态监测是一门涉及多学科的交叉领域，涉及农、林、牧、副、渔、工等各个生产领域，需配备包括生物、地理、环境、生态、物理、化学、数学信息和技术科学等多学科的科技队伍。②长期性。自然界中生态变化过程十分缓慢，而且生态系统具有自我调控功能，一次或短期的监测数据及调查结果不可能对生态系统的变化趋势做出准确的判断，必须长期观测，通过科学对比，才能做出准确描述。③复杂性。生态监测中要区分人类的干扰作用和自然变异以及自然干扰作用十分困难，许多生态过程在生态学的研究中并不十分清楚，使得生态监测时分复杂。④分散性。态监测费时费工，耗资巨大，设计复杂，监测站不可能像环境监测那样有众多的监测点或监测断面。监测网络具有较大的分散性，特别是跨区域的及全球性的监测计划。

①生态保护红线面积。监测内容包括生态保护红线基期面积以及生态保护红线调增面积、调减面积。②自然生态用地面积。监测内容包括生态保护红线内的林地、灌丛、草地、湖库湿地、荒漠等具有自然生态属性的用地面积，以及被人类干扰活动占用面积等。③主要生态功能。监测内容包括通用指标生长季植被覆盖度、不同功能区的特征性指标（土壤含水量、中度及以上土壤侵蚀面积、风蚀量（厚度）、沙化土地面积、重点生物物种种数等）及各地因地制宜选择的备选指标等。洪水调蓄功能监测指标为湖库湿地面积，包含在通用指标自然生态用地面积。④人类干扰活动面积。监测内容包括生态保护红线内新增加的人类活动面积，以及规模扩大的人类活动面积总和。⑤生态修复建设面积。监测内容包括生态保护红线内年度实际完成的各类型人类活动及设施清退面积与生态修复治理面积总和。

①综合监测。采用卫星遥感、近地面航空遥感（无人机）、地面监测相结合，以卫星遥感监测为主的技术方法，即先利用高时空卫星遥感开展监测因子普查，然后利用无人机对典型地区进行抽查，再到野外现场开展关键生态因子监测和存疑斑块核查。②卫星遥感信息提取。利用中高分辨率卫星遥感正射影像，分别提取生态保护红线调增面积、生态保护红线调减面积、自然生态用地面积、自然生态用地被占用面积、生长季植被覆盖度、新增人类活动面积、规模扩大人类活动面积、生产生活设施减少面积、生态修复治理面积、中度及以上土壤侵蚀积、沙化土地面积等信息。③航空遥感抽查。航空遥感（无人机）用以实现高分辨率地物信息采集，对于卫星遥感发现疑似问题的区域，以及卫星遥感影像不清晰的区域可用无人机进行抽查或补测。航空遥感抽查的启用条件和适用范围结合生态保护红线监管业务需求开展。

中国生态环境监测的起步较晚，但是随着重视程度不断加强，生态环境监测技术获得了较快发展。如在2003年，江苏省率先建立生态监测部门，对省内生态环境进行监测；2010年，安徽成立全国首个煤矿区生态环境保护国家工程实验室，对煤矿区的生态环境进行监测和保护研究；2012年，山东建立黄河三角洲湿地生态补水的生态监测工作，对黄河三角洲的湿地保护和恢复工作进行监测。中国先后在全国建立了十几个生态环境监测站，为微观生态监测的发展奠定基础；利用地理信息技术对生态环境进行监测，对生态退化、土地沙化和流失等问题进行监测；利用资源卫星技术，对全面重点区域内的生态环境进行动态的监测；利用卫星遥感技术，对农作物产量、森林农牧的产量等进行监测，为宏观生态监测奠定基础。3S监测技术成为生态环境监测的主要发展趋势。