中华人民共和国政府和日本国政府考虑到鸟类是自然生态系统的一个重要组成部分，也是一项在艺术、科学、文化、娱乐、经济等方面具有重要价值的自然资源，鉴于很多种鸟类是迁徙于中国和日本之间并季节性地栖息于两国的候鸟，因此两国政府签订了《中日候鸟保护协定》，其目的是在该协定的框架下共同保护和管理候鸟及其栖息环境。该协定于1981年6月8日起生效，为期15年，但期满前一年如果没有一方通知另一方终止协定，则继续有效。

《中日候鸟保护协定》由序言、6条正文和附表组成。协定中所指的候鸟是根据环志或其他标志的回收、标本、照片、科学资料或其他可靠证据，证明确实迁徙和栖息于两国的迁徙鸟类，并在附表中具体列出了要保护的227种候鸟。《中日候鸟保护协定》规定：除各自国家法律规定的特殊情况外，禁止猎捕候鸟和拣取其鸟蛋，并由各自国家的法律规定候鸟的猎期；两国政府鼓励交换有关研究候鸟的资料，制订共同研究计划，鼓励保护候鸟特别是可能灭绝的候鸟；为保护和管理候鸟及其栖息环境，根据各自国家的法规设立保护区。

自协定实施以来，每隔两年召开一次协定定期工作会议。通过该双边协定，中国和日本政府已将鸟类环志、朱鹮、黑嘴鸥、黑脸琵鹭、鹤类等合作研究纳入双边协定合作框架，并开展了鸟类环志技术培训、黑嘴鸥联合调查等研究工作。通过两国合作，规范了中国鸟类环志的技术体系，对黑嘴鸥的繁殖种群数量及分布开展了长期的监测，促进了中国朱鹮种群的复壮等。