中华农业文化源远流长，中国自古有敬天亲地，爱水尊山，仁爱自然的生态伦理。总体上，中国农业环境保护可以分为上古时期、古代及现代等三个发展阶段。

可以追溯到史前8000多年土地农业发展时期。先民们通过转移种植防止土地肥力过度衰竭，维护土地休养生息。据《尚书·舜典》记载，上古时期，部落王国都有一个专门的职位称作“虞官”，为朝廷九官之一，主司土地和自然保护，沿袭至尧帝时期已经固定为朝廷人事构成，可以说是世界上最早的环保部。

早在夏朝禹帝时期就有关于环境保护的禁令，“春三月，山林不登斧，以成草木之长；夏三月，川泽不入网罟，以成鱼鳖之长”。这是已知中国乃至世界最早的农业自然保护的禁令。至周朝，上古时期的环境和自然保护职能演变为虞衡制度。据《周礼·地官》记载，王朝设有“山禹”和“泽禹”主官，分别专司山林和河泽行政政令；相应还设有“林衡”和“川衡”执法官，贯通了山林河川的行政管理与执法。西周《伐崇令》有“……，毋伐树木，毋动六畜。有不如令者，死毋赦”。说明当时古人已经认识到了农村生态环境的重要性。

至春秋战国时期，农业环境保护的思想和策略已经较为成熟和系统，形成了以老子“天人合一，道法自然”为代表的人与自然和谐的哲学思想，敬畏自然、惜用资源成为当时农业发展的主流意识。在春秋时期，环境保护和生态平衡置于社稷安邦的重要战略。齐国在齐桓公时期就实行“四禁”政策，严格规定了不得肆意砍伐森林、焚毁泽草等环保措施，是世界上最早的环保条例。例如，春禁中明确规定不伐大木、不烧山火（《管子·地数》）。《管子·禁藏》中说：“顺天之时，约地之宜，忠人之和，故风雨时，五谷实，草木美多，六畜蕃息，国富兵强。”这说明在春秋时期国家治理者层面，要求农业生产中做到天时、地利、人和三者的和谐与协调，来保证五谷丰登，六畜兴旺，国富民强的局面。

秦汉时期的《秦律十八种·田律》即为专门的农事环保政策。其内容如，“春二月毋，雍堤水。不夏月，毋敢夜草为灰”；毋“毒鱼鳖，置阱网”，都是当时对土地保护、生态养护和动物保护做出的严格规定。同期，也很注重开荒垦田，推行“戍边屯田”等政策，鼓励垦田，且“务尽地力”，首次提出立法保护农业环境的思想。土地保护和自然养护的农业生态环境保护在后来历代封建王朝都有沿袭和细化。《齐民要术》在对传统农学思想进行总结时说，“顺天时，量地利，则用力少而成功多。任情反道，劳而无获”。集中体现了中华民族尊重自然、因地而异发展农业的智慧，同时总结了“地力常新”“深耕熟犁，壤细如面”等依靠自然维持地力常新的策略。古代制定的一系列不同时节对动植物的保护制度，对自然和生态的敬畏，以及对资源利用的节制，体现了古代人环境保护的思想和智慧，几千年的传承和发展，构成了当代农业环境保护的思想基础和法律渊源。

现代农业环境保护可追溯到20世纪60年代。随着发达国家对环境问题的关注，中国科学院等科研机构开展了农业环境研究。但中国农业环境保护事业的发展始于70年代。时任国家领导人要求农林部开展工业发展对农业影响的研究及防控工作。1971年8月，中国农林科学院生物所成立了“防公害”研究组，1972年升级为“防公害”研究室，1973年更名为农业环保研究室。随后相继成立了农业环境保护研究机构和农业环境保护监测所（站）。1979年，国务院批复农业部筹建“农业环境保护科研监测所”，作为非营利性科研机构落户天津。1981年成立农业环境保护协会和科技情报网，初步形成了农业环境的管理、监测、科研和技术服务的新事业专业。90年代中后期，全国县市以上各级农业管理部门都设置了农业环境保护站（部分与农村能源结合）。2012年农业部成立全国农业生态与资源保护总站，将农业环境保护纳入其主要工作职责。为守住耕地资源保护红线，农业部将相关职能析出，于2015年专门成立全国耕地质量监测与保护总站。其后，部分省市（例如江苏省）将耕地资源保护与农业环境保护并署办公，以加强耕地保护和农业环境保护的协调和统一管理。至21世纪初，农业环境保护行业的范畴、职责及管理和技术体系基本成型。2016年，国务院印发《土壤污染防治行动计划》，实施全国范围的土壤污染治理和污染物管控；2019年，《中华人民共和国土壤污染防治法》颁布实施。2015年以来，中国全面组织实施畜禽粪污资源化利用行动、果菜茶有机肥替代化肥行动、东北地区秸秆处理行动、农膜回收行动和以长江为重点的水生生物保护行动等“农业绿色发展五大战略行动”。中国农业环境保护进入国家生态文明战略指导下的农业、环境、生态与人类健康和谐发展的新时期。

随着农业环境保护工作的推进，农业环境保护学科应运而生。20世纪70年代末，农业高等学校开始设置相关课程、研究机构与研究生专业。1978年，浙江农业大学率先开设农业环境保护课程、创建环境保护本科专业，1981年设立环保系，1982年以农业环境保护专业开始招生培养研究生。西南农业大学（今西南大学）于1983年开始环保专业化本科生培养，1989年正式开设农业环境保护本科生专业和研究生专业；北京农业大学（今中国农业大学）和南京农学院（今南京农业大学）等高校相继从土壤化学、农业微生物、植物营养等系科析置农业环境保护研究室（教研室），分别以方向或专业招收和培养农业环境保护研究生。至1994年，全国主要农业大学都设置了农业环境保护教研机构和硕士研究生培养专业。20世纪80年代中期，《农业环境保护概论》首本本科教材编撰发行。1999年，中国农业大学主编《农业环境保护概论》，被各有关高校采用，基本奠定了此学科范畴和内容。

随着全球社会环境与可持续发展的新挑战的不断形成和更替，农业环境保护学科研究和技术发展经历了80～90年代中期以重金属为代表的污染物研究、90年代中期至21世纪初的有机污染物研究和废水治理研究、21世纪初以来的农田大规模污染与食物安全及产地环境治理研究，以及温室气体与气候变化、固体废弃物循环利用与资源化技术研究、生物及抗生物素污染研究及控制等阶段。2013年，国务院学位委员会颁布的一级学科目录，农业环境保护置于农业资源与环境一级学科范畴，作为其核心二级学科。至2020年，构成了以各种污染物过程与效应、机理与控制为核心的基础研究，以土、水、气环境污染治理与修复环境工程为载体的技术发展，以标准化、信息化为方向的环境保护技术服务体系建设及以农业和乡村环境规划、管理与综合管控为目标的农业环境保护科学技术一体化发展的学科格局。

农业环境保护学科立足服务于中国绿色发展的时代要求，已经基本形成农业环境及保护的研究、监测、管理和综合服务的技术体系，形式包括本科、硕士研究生（学硕和专硕）、博士研究生和博士后等环节的全链式教育与人才培养体系。国家人力资源和社会保障部社会职业人才培训计划、农业高等专科学校以及高等院校的专业学位硕士研究生培养等都承担了此学科范畴的专业人才的学历和非学历培训培养工作。

直接从事本学科领域科学研究和技术发展的研究机构包括中国农业科学院环境与可持续发展研究所和农业农村部环境保护科研监测所。中国科学院和高等学校都有一些科研机构直接或间接从事此领域的研究工作。农业农村部农业环境监测总站直接承担国家职能的农业环境监测、评价和标准化工作。服务于此学科发展的学术期刊有：《农业环境科学学报》《农业资源与环境学报》《生态与农村环境学报》。