水运工程效益是反映水运工程效果的一个重要指标。

与无水运项目相比，水运项目带来的社会流通费用的总节约额及其他净效益。在最小水深、宽度和曲线半径，能确保一定吨位和乘员的船舶安全航行、交会和转向的航道上，通航里程越长，客货运密度越大，水运效益就好；反之则差。对于水运项目，亦可分为直接效益和间接效益。

水运直接效益：水运产业对国家的直接贡献。按正常运输量、转移运输量和诱发运输量，分别计算节省运输费用、提高运输效率和提高航运质量可获得的效益。其中，提高运输效率可分为缩短旅客在途时间效益、缩短货物在途时间效益和缩短船舶在港口停留时间效益。采用最优等效替代法时，需注意所选替代措施的现实可行性和最优性。

水运间接效益：水运建设给水运产业以外社会及其他有关部门带来的效益。主要包括：项目开发水资源综合利用带来的效益，如发电、灌溉、排涝、城市生活、水产养殖等方面的效益；项目建设地区的社会经济发展效益，如矿产等新资源开发、工业园区的形成、促进地区文化教育、增加就业和人民收入等；军事与国防效益；其他如促进民族团结、提高国家声誉等。

常用的水运工程效益的计算方法有：经济内部收益率法、经济净现值法，经济效益费用比法、财务内部收益率法、财务净现值法及投资回收期法等。

水运效益是经济效益与社会效益的结合，政府投资水运基础设施时，不仅应当考虑经济的发展，还应当考虑到社会、资源和环境，因为只有在和谐的基础上发展经济，才能使社会效益最大化，满足政府投资的主要目的。中国境内河流众多，干流支流错综复杂，水运发达。水运基础设施的建设是政府投资一个重要的部分，它对社会经济系统及存在的空间自然环境有很大影响。中国水运效益分析主要依托于对水运基础设施投资项目评价，可持续发展观为基础，从经济、环境、居民、对外影响4个层面对水运效益进行分析。单纯追求经济增长必然给今后的发展埋下隐患，制造障碍，超常规的经济高速发展必然是以牺牲教育、文化、卫生、社会福利、自然环境为代价的。对水运的社会效益进行评价有助于提高社会的经济质量及人民的生活水平，最大地优化投资的社会效益，保持投资项目的健康持续生存和发展，促进社会的进步。