水产养殖效益可分为经济效益、社会效益和生态效益。经济效益主要是直接增加水产品的产量和产值并间接促进水产品加工业的发展，通常可根据水产品的销售收入减去其各项生产成本加以计算。社会效益主要是丰富人民的生活，增加当地的就业机会等，具体包括养殖者增收、受益养殖者增加、养殖技术进步、养殖技术推广等。生态效益主要是帮助维持水生态平衡，保护养殖水域的生态环境，减轻环境污染、减少病原滋生。使养殖水域的环境资源得到健康有序的高效利用。

研究成本投入的收益，确定最适合的养殖模式及投入类型；分析效益最高的养殖规模、养殖成本结构；分析提升水产养殖效益的措施，如增强养殖户信贷支持力度、提高技术水平、拓宽销售渠道等。

水产养殖成本效益分析方法，包括经济成本效益分析法和生产函数分析法等，即从经济效益角度分析如何利用技术成果使其效果最佳；利用多阶段线性规划模型，讨论通过鱼苗最优使用量的决定、群体生长状况及成本评估、最优采捕计划来实现利润最大化问题；利用随机生产前沿函数和超越对数生产函数等对水产养殖技术效率进行分析；运用计算贡献率的公式，分析水产养殖对农民增收、出口创汇、粮食安全、农业产值增长的贡献等。

研究焦点主要在宏观发展方面，主要对水产养殖产业的发展、高产高效养殖技术以及养殖政策等进行了分析和相关对策的讨论。对于水产养殖的成本收益情况，在产地的市场机制、调节方式和市场流通以及水产养殖对当地经济的促进、对养殖户从业者的生活的影响、解决就业等问题的研究还比较少，有待进一步研究探明。而近年来，学者对水产养殖的经济效益、社会效益、生态效益进行多角度探索，努力提升水产养殖的综合效益。