为节约和合理使用有限水资源，中国部分城市、地区于1980年前后开始征收水资源费，1988年1月21日第六届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过的《中华人民共和国水法》也明确规定了实施水资源费制度，全国各地逐步推行。

中国只对直接从地下或者江河、湖泊取水者征收的费用。作为保护和补偿性质的收费，它反映水资源的使用价值，是付给国家的保护和补偿水源的费用。各级水行政主管部门为中国水资源费征收部门，通过审核发放取水许可证向取水单位和个人征收水资源费。

水利界及其他各界关心水资源开发利用工作的专家、学者自20世纪80年代初开始陆续开展水资源费理论的研究，对中国征收水资源费的理论依据、收费性质、征收范围、征收标准及使用管理等一系列问题做了不同程度的探讨，并就其中一些问题取得了比较一致的意见。但对水资源费的性质与构成等具体问题的认识还不统一，在具体操作时还有很多实际问题要解决。

中国的水资源费计算方法主要分为两种：以成本费用为基础的水资源费计算方法和以市场供需为基础的水资源费计算方法。以成本费用为基础的定价方式主要是为弥补水资源管理费用、开发利用的前期工作费用等一些成本费用而征收的；以市场供需为基础的定价可以很好地通过市场价格变化体现区域水资源的稀缺程度，有效地调节水资源供需关系。

虽然中国从1980年开始征收水资源费，但仍存在征收标准低，使用范围不明确，使用不规范，征收机制不完善等问题。全国各省（自治区、直辖市）水资源费征收标准总体情况是：根据不同的水源类型（如地表水和地下水），分别对不同的用水单位和个人征收不同的水资源费标准。发展趋势是政府以水资源价值为基础，依据各地水资源自然条件及经济发展水平的不同，合理提高水资源费标准，制定有差别的水资源费征缴标准。

2016年5月10日，财政部、国家税务总局联合发布《关于全面推进资源税改革的通知》（财税〔2016〕53号），宣布自2016年7月1日起中国全面推进资源税改革。根据《关于全面推进资源税改革的通知》，中国将开展水资源税改革试点工作，并率先在河北试点，采取水资源费改税方式，将地表水和地下水纳入征税范围，实行从量定额计征，对高耗水行业、超计划用水及在地下水超采地区取用地下水，适当提高税额标准，正常生产生活用水维持原有负担水平不变。从2017年12月份，试点工作扩大到了10个省，加入试点的主要是在缺水比较严重的几个地区，包括北京、天津、山西、内蒙古、河南、山东、四川、宁夏、陕西9省（区、市）。