中国《宪法》第九条规定，矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，即全民所有；由法律规定属于集体所有的森林、山岭、草原、荒地、滩涂除外。国家保障自然资源的合理利用，保护珍贵的动物和植物。禁止任何组织或者个人用任何手段侵占或者破坏自然资源。因此，按照“谁利用、谁付费”的原则，1988年国家濒危物种进出口管理办公室、国家物价局、财政部下发《关于野生动植物进出口管理收费的通知》（濒办字[1988]8号），设立野生动植物进出口管理费。1992年国家物价局、财政部《关于发布中央管理的林业系统行政事业性收费项目及标准的通知》（价费字[1992]196号），对野生动植物进出口管理费进行重新审定。2000年财政部、国家计委相继发布《关于调整野生动植物进出口管理费政策有关问题的通知》（财综字[2000]75号）和《关于野生动植物进出口管理费收费标准的通知》（计价格[2000]1004号）文件，进一步加强对野生动植物进出口管理费收取和使用的管理。将野生动植物进出口管理费纳入中央预算外资金财政专户，实行“收支两条线”管理，收入全额上缴中央财政专户，支出纳入部门预算，由财政部统筹安排使用。

2006年颁布的《中华人民共和国濒危野生动植物进出口管理条例》第十五条做出规定，国务院野生动植物主管部门和省、自治区、直辖市人民政府野生动植物主管部门以及濒危物种进出口管理机构，在审批濒危野生动植物及其产品进出口时，除收取国家规定的费用外，不得收取其他费用。

2015年9月，财政部、国家发展改革委发布《关于取消和暂停征收一批行政事业性收费有关问题的通知》（财税[2015]102号），根据国务院关于推进收费清理改革工作的部署，取消33项和暂停征收4项行政事业性收费项目，其中野生动植物进出口管理费暂停征收。