创办于2001年。由横滨市政府主办。每三年在横滨市举办一届。展览不仅展出活跃在国际上的艺术家们的作品，还引进新进艺术家，展示全球最新的现代艺术动向。展览旨在通过现代艺术作品推进日本与各国的文化交流，推介日本本土艺术家进入国际视野。

2001年，首届横滨三年展以“大浪潮——面向新综合”为主题，109位艺术家共带来113件作品参展。主会场在横滨展示厅和横滨红砖仓库1号馆，参观人数达到35万人，成为日本重要的现代艺术国际大展。此后，横滨三年展持续关注世界与日本、社会与个人之间的关系，从多元视角出发重新审视艺术的社会性存在意义。2005年，第二届横滨三年展的主题为“艺术马戏团跳跃日常”。2008年，第三届双年展主题为“时间的裂缝”。2011年，第四届主题为“这个世界我们究竟能知道多少”，并将横滨美术馆定为三年展的固定活动地点，展会代表作品有《钻石地板》《一》《有根的树》等。2014年，第五届主题为“华氏451的艺术：世界中心有忘却之海”，79位艺术家共带来444件作品，吸引了21万人次的参观。2017年8月，第六届横滨三年展开展，展会主题为“岛屿，星座和加拉帕戈斯”。主题从全球化与地域性的角度，探讨当今世界的纷争与危机，代表作品有《好和坏的界限是严重曲折的》《塔克拉玛干计划》《沉重的历史》等。

横滨三年展第一届至第三届展会由独立行政法人国际交流基金会作为主办单位承担事务局协调职能，通过现代艺术促进日本与各国文化交流。从第四届展览开始横滨市作为运营主体，成为受文化厅支持的国家项目。横滨三年展作为开放性现代艺术的盛典，跨越领域与时代，向全世界传播新颖的价值观念与新文化，为国际交流与相互理解贡献力量。