辽东（今辽宁东部和南部）人。隶汉军正黄旗。耿继茂长子、耿仲明之孙。顺治十一年（1654），耿精忠受父亲派遣入侍京师。世祖念其父征南多有战功，授其一等精奇尼哈番，命娶肃亲王豪格之女，封和硕额驸。康熙二年（1663），耿精忠回到福建军中学习军事。康熙十年，耿继茂死，耿精忠承袭其父爵位，为靖南王，镇守福建。

清朝建立初期，曾封明末降将吴三桂为平西王，镇守云南；尚可喜为平南王、耿仲明为靖南王镇守广东。从耿继茂开始，借着“移镇”的机会大肆圈占土地，修建王府，极尽奢华”。耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。开始心怀异志，静待时变。

康熙十二年三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，清圣祖决定撤藩，令其前往海城养老。耿精忠和吴三桂得知后不得自安，也相继上书请求移藩，圣祖同意所请，派遣侍郎陈一柄前往福建交接相关事宜。清廷撤藩的决定，引起藩王的不满。十一月，吴三桂起兵反叛。为了稳定耿精忠，清廷召回陈一柄，仍命耿精忠留镇福建。吴三桂以书信劝诱耿精忠起兵相应，耿精忠召集部下商议，多数将领赞同起兵。十三年三月，耿精忠正式起兵据福州反叛，以“复明”为口号收买人心，效仿吴三桂下令蓄发、易衣冠，自称总统兵马大将军，自铸“裕民通宝”钱，以曾养性、白显忠、汪元勋为将军，据福建和清朝对峙。初反时，耿精忠曾要挟总督范承谟共同反叛，范承谟坚决不服从，耿精忠幽禁范承谟及其家属、宾客50余人。起兵后，耿精忠迅速占领福建大部，约吴三桂合兵进攻江西、江南等地，约潮州总兵刘进忠扰广东，并邀郑经发兵，攻取沿海郡县，以为声援。同时派其部将分掠浙江、江西等地。耿精忠之叛，震惊朝廷。圣祖派平南将军赉塔出兵浙江、定南将军希尔根出兵江西，征剿叛军；同时下令削耿精忠爵位，监禁其在京师的兄弟。此外，圣祖又派郎中周襄绪以及耿精忠护卫陈嘉猷前往福建招降耿精忠。耿精忠将陈扣押，继续派兵四处攻掠，叛军队伍扩大至十万余人。

圣祖随即任命康亲王杰书为大将军、贝子傅喇哈为宁海将军，率劲旅南下浙江，又以岳乐、喇布两军为声援，进攻耿精忠军。耿精忠诸将不敌，逐步败退。康熙十四年，岳乐进军至南昌，奉旨招降耿精忠，耿精忠以谩骂答之。圣祖又派其弟耿聚忠劝降。耿聚忠到达衢州，耿精忠拒不接见。耿精忠的母亲周氏曾阻止耿精忠反叛，耿精忠不听，周氏气愤而死。十五年，清军攻克江山，招降仙霞关守将金应虎，进入福建。此时，耿精忠与郑经关系破裂，面对清军的进攻以及郑经的骚扰，耿精忠无力抵抗，准备向清军投降。杰书进军建阳，再次致书耿精忠，向其劝降，耿精忠先杀范承谟灭口，后答复杰书称请降旨赦免其罪行。清军继续进军，攻克建宁、延平，耿精忠遣子耿显祚同之前扣押的周襄绪、陈嘉猷迎接清军，表示投降并称愿征讨郑经赎罪。朝廷恩准，恢复其爵位，属下官职如旧制。圣祖命耿昭忠为镇平将军，前往福州驻守，耿精忠随大军进剿郑经。

康熙十六年四月，耿精忠遣子耿显祚入侍，圣祖封其散秩大臣。十一月，耿精忠部下参领徐鸿弼、佐领刘延庆等人告发耿精忠仍有谋反之心，并指其五条罪状：违反康亲王命令，不交出奸党；勾结海贼；与刘进忠以手语称投降并非自愿；密令心腹私藏铅药；派手下收集兵器，以备起事。圣祖为稳定降心留中不发。十七年，杰书上疏请求诛杀耿精忠，圣祖以“贼党引领冀归正者不止千百，骤诛精忠，或致寒心”为由，没有采纳。十九年四月耿精忠请求入京，圣祖同意，以马九玉为福州将军，驻守福州，统领藩下兵马。八月，其弟昭忠、聚忠再次弹劾耿精忠，圣祖命交法司审理。法司以徐鸿弼等首次弹劾及昭忠、聚忠再次弹劾俱属事实，称耿精忠应革王爵，与子耿显祚及部下曾养性、白显忠等凌迟处死。圣祖得奏，令再次合议后处理。

康熙二十年十月，清军进入昆明，吴世璠自杀，三藩之乱结束。圣祖下令尽撤耿精忠部下在福建任职之人。给事中姚祖项、御史孙必振上书称吴三桂应戮尸，耿精忠及其逆党，按律应凌迟处死。圣祖想要从宽处理，大学士明珠奏称“精忠负恩谋反，罪浮于之信”，最终与其亲信曾养性等人被凌迟处死。耿精忠被诛后，其家属得到了妥善安置，被编为五佐领，隶汉军正黄旗。他的两个弟弟耿昭忠、耿聚忠得以善终，并被赐予谥号。