巴黎外方传教会成立于1653年。主要的创始人是东京（Tokin）代牧区的陆方济主教（Mgr Francois Pallu，1626～1684）和交趾支那（Cochin-China）代牧区的郎伯铎主教（Mgr Pierre Lambert de la Motte，1624～1679）。1649年，终身大部分时间在越南传教的法国籍耶稣会神父A.罗德（Alexandre de Rhodes，1591～1660）回到罗马。在罗马期间，他不断向教廷建议派遣传教士到远东地区传教。1633年，罗马传信部曾建议在亚洲的日本、中国、泰国等地设立传教区，但鉴于葡萄牙保教权的影响，葡萄牙国王反对这项计划。随后在罗德神父的影响下，传信部重新考虑了这个计划。教廷驻巴黎大使按照教宗的意见在法国挑选合适的人作为主教候选人。为了避开葡萄牙保教权的影响，教宗任命陆方济和郎伯铎为宗座代牧，实则代表罗马行使主教之职，这样的任命便可以绕过葡萄牙君主。1658年，陆方济、郎伯铎等人在罗马传信部的授意下在巴黎成立修道院，以培养前往远东的传教士。因此也可以认为，巴黎外方传道会与巴黎的修道院是同时成立的。而这个外方传道修道院是整个修会的核心，通过修道院协调处理各个修会团体的事工。1664年，经过教宗亚历山大七世（Pope Alexander Ⅶ，1599-02-13～1667-05-22）的批准，巴黎外方传教会正式成立。

巴黎外方传教会本质上是传教组织而非修会，招募的对象也多是堂会神父（secular priests）。参与修会的会士并非由誓言组合在一起，而是基于一个共同的目标——宣教，将自己终生奉献给传教事业，但该会有自己的会规。年龄不超过35岁的人可以进入修道院，而且在成为巴黎外方传教会会员之前，必须在传教领域至少服事三年。传教会许诺提供必要的支持和资助，同时尽可能确保他们结束任务之后能够返回。在管理体制上，主教和宗座代牧是某个传教区域的监督，而神学院的理事团是整个传教会的监督。差会在16世纪中后叶至17世纪末，主要在东京、交趾支那、老挝、暹罗等地传教，超过4万名信徒受洗，按立了30位本土神父，他们积极参与到差会事工中。18世纪后期，因法国大革命的影响，巴黎外方传教会的传教工作也受到了冲击。19世纪时，该会和其传教工作快速发展，主要原因是欧洲经费的支持增多，以及传教士和信徒在传教过程中所受迫害对欧洲青年从事传教事业热情的激发，而蒸汽机的发明和苏伊士运河的开通同样促进了该会的传教工作。在传教工作之外，巴黎外方传教士也建立了疗养院、退省所等，以供传教士使用。

1659年9月9日，教宗亚历山大七世任命陆方济为东京代牧区代牧，署理中国西南部的贵州、四川、云南、湖广、广西等地，以及老挝的教务。郎伯铎为交趾支那代牧区代牧，负责管理中国东南部的浙江、福建、广东、江西和海南的教务。1660年9月20日，教宗又任命高纳爵（Ignace Cotolendi，1630～1662）为南京代牧区代牧，管理山西、山东、河南、陕西、北京等地的教务。1856年，该会神甫马赖违法潜入中国广西西林活动，胡作非为，遭到清政府处决。此事件成为法国发起第二次鸦片战争的借口。1920年，该会在中国拥有两个监牧区和11个代牧区，信徒将近24万。1949年，该会在中国有16个传教区、三百多位传教士。