由于自然区划单位的相似性和差异性是相对的，故自然区划应是多级地域系统。从较高的级到较低的级，其内部相似性逐渐增大，而差异性逐级减小。进行自然区划，即通常着重根据地域分异因素的大、小尺度差异自上而下地逐级划分。通常认为存在着地带性和非地带性两种单位，但在建立登记系统时有两种不同的作法。双列系统观点主张按两个独立系统划分，至最低一级才合并成综合性的自然区划单位。单列系统观点则把两个系列的区划单位依次交错地纳入一个系统中，作为获得完全综合单位的必要步骤。所有区划单位既是地带性的，又是非地带性的。1959年《中国综合自然区划（初稿）》采取的主要的等级是：大自然区，温度带；自然地区/亚地区、自然地带/亚地带；自然省、自然州和自然县。为了适合中国习惯，通常保留大自然区域，温度带、自然地区、自然地带，以下改称自然区和自然小区。等级层次则依各种要求而异，通常为三级或四级。