2007年4月25日，中华人民共和国国务院令第496号公布，自2007年6月1日起施行。根据2013年7月18日《国务院关于废止和修改部分行政法规的决定》对该条例进行第一次修正。根据2016年2月6日《国务院关于修改部分行政法规的决定》对该条例进行第二次修正。2017年3月1日《国务院关于修改和废止部分行政法规的决定》对该条例进行第三次修正。

《中华人民共和国水文条例》共46条，分为总则、规划与建设、监测与预报、资料的汇集交流保管与使用、设施与监测环境保护、法律责任、附则七章。主要内容包括：①明确水文事业是国民经济和社会发展的基础性公益事业，县级以上人民政府应当将水文事业纳入本级国民经济和社会发展规划，所需经费纳入本级财政预算。规定国务院水行政主管部门主管全国的水文工作，其直属的水文机构具体负责组织实施管理工作。②规定了水文规划制度。明确了水文发展规划的编制原则、程序以及水文发展规划的效力等内容。规定了水文站网建设的统一规划与管理制度。③规定了水文监测与水文情报预报制度。从事水文监测活动应当遵守国家技术标准、规范和规程，使用符合要求的技术装备和经检定合格的计量器具。有关水文测站应当及时、准确地报告水文情报预报，水文情报预报应当按照权限统一发布。④规定了水文监测资料的汇交、保管、公开、保密和使用制度。⑤规定了水文设施与监测环境保护的制度。⑥规定了违反条例的法律责任。