“水利信息化”一词出现于20世纪60年代。随着国家防汛抗旱指挥系统工程等重点项目的启动建设，“水利信息化”于90年代中后期在中国水利系统得到广泛应用。1994年，在国家层面首次正式提出“水利信息化”一词，并明确由中国水利部水利信息中心指导全国水利信息化和水利通信业务建设。2000年，中国水利部成立了信息化工作领导小组，2001年，中国水利部信息化工作领导小组确立了“以水利信息化带动水利现代化”的发展思路，明确了水利信息化的地位和作用。2003年4月，中国水利部印发的第一部信息化规划《全国水利信息化规划（“金水工程”规划）》，明确了水利信息化的内涵、外延及其主要内容，此后，水利信息化建设开始以构建并完善水利信息化综合体系为主要内容。

水利信息化建设大致经历了三个阶段：①起步阶段（20世纪70年代中期～90年代末），主要以区域性的通信、水情自动测报、资料电子化建设等内容为主，为水利信息化建设积累了有益经验、储备了必要的技术力量。②推进阶段（21世纪初～2008年），金水工程成为国家重点推进的工程项目之一，以防汛抗旱等重点业务为中心的网络传输、数据库、业务应用先后建成并投入使用，实现了实时水情等信息的网络传输，为防汛指挥决策、网上办公等提供了支撑，为水利信息化进一步发展打下了基础。③发展阶段（2009年后），多项规章制度、标准规范先后出台，各项重点工程加快推进，水利普查等专项工作成功实施，由水利信息基础设施、水利业务应用、水利信息化保障环境组成的水利信息化综合体系基本形成，使水利中心工作的支撑能力全面提升。

随着水利信息化的发展，其综合体系渐趋完善，作用日益显著，在促进和带动传统水利向现代水利转变、服务和支撑水利改革发展方面发挥了重要作用。