2008年初，中国水利部水库移民开发局开始系统地立项建设，2010年12月建成并投入使用，2013年9月通过竣工验收。水利移民管理信息系统覆盖中国31个省（自治区、直辖市）和四级移民管理机构，主要业务涉及后扶人口核定管理、移民基本资料管理、规划计划实施管理、移民信访及应急处理等。主要功能包括信息采集、表格修改、地图标注、信息浏览、查询统计、材料上传下载、工作联系，以及用户管理、数据管理、系统监控等。

水利移民管理信息系统的投入使用，提高了水利水电工程移民管理水平和能力，提升了水利水电工程移民工作决策水平，为妥善解决水利移民问题、维护社会稳定做出了贡献。