应用支撑平台、水利业务应用和水利应用门户三者之间的关系是：应用支撑平台将水利业务应用集成为有机整体并支撑业务协同，水利业务应用调用应用支撑平台资源服务实现业务逻辑，水利应用门户为用户使用水利业务应用提供统一入口。

从20世纪90年代开始，中国水利部先后建设了国家防汛抗旱指挥系统、国家水资源管理信息系统、全国水土保持监测网络与信息系统、农村水利管理信息系统、水利工程建设与管理信息系统、水利安全生产监管信息系统、水利移民管理信息系统、水利电子政务系统、水利建设市场信用信息平台、水利应用门户等，逐步形成了水利业务应用体系。2016年，中国水利部组织编制《全国水利信息化“十三五”规划》，提出建设协同智能的水利业务应用体系，基本覆盖各项水利工作。

通过水利业务应用体系的持续建设，水利业务应用得到有力推进，进一步提升了水利信息化水平和能力，推动了水治理体系和治理能力现代化。