主要包括综合办公、规划计划、财务、人事、远程教育培训、国际合作、科技、信访和档案等水利行政管理应用和网上行政审批、公众信息服务等水利政务服务应用。水利电子政务系统起步于2000年前后，起初主要是各单位自行建设的办公自动化系统。2004年，中国水利部正式启动水利部水利电子政务系统建设项目，内容涉及综合办公、水利规划计划、水利人事教育、国际合作、科技管理、水利信访管理等应用及水利政务协同支撑平台。自2008年起，该系统又扩展增加水利财务管理、水政执法管理、水利党群管理、水利行政审批和水利政务公开等内容。

水利电子政务系统建设使中国水利部、各流域管理机构、省级水行政主管部门和新疆生产建设兵团水利局实现了机关公文流转无纸化，其中流域管理机构还实现了与上级领导机关和直属单位之间公文流转无纸化。水利财务管理覆盖中国水利部各级直属单位，实现了所有水利部直属单位财务业务集中管理和监控。水利电子政务系统已成为水利业务日常办公和服务公众的综合性平台，在综合办公、规划计划管理、人事管理、财务管理、科技管理、国际合作管理、远程教育培训及行政审批等方面得到广泛应用，提高了工作效能和公众服务水平。