生于叙利亚大马士革附近的一个阿拉伯家庭，卒于埃及开罗。自小学习神学、哲学和文学，之后在大马士革的努里医院（Bimaristan al-Noori）学习医学。1236年，搬到埃及开罗，成为纳塞里医院（al-Naseri hospital）的主任医师。之后，他的大部分时间都在埃及生活、工作。74岁时，他成为曼索里医院（al-Mansori hospital）的医生，直至去世。去世前，他将自己的房子、图书室和书籍手稿捐给了曼索里医院。

29岁时，伊本·纳菲斯发表了《评阿维森纳的解剖学》（Sharh Tashrih al-Qanun）一书，对阿维森纳的《医典》进行了评述，其中最重要的发现是对血液肺循环的记述。他指出，“心脏右腔的血液必须到达左腔，但两者之间没有直接的通路。心脏的厚隔膜没有穿孔，也没有可见毛孔（阿维森纳的理论）或不可见毛孔（盖伦的理论）。来自右腔的血液必须通过静动脉（指肺动脉）到达肺部，进行扩散，在肺部与空气混合，通过动静脉（指肺静脉）到达心脏左腔，形成生命力。”他还推测了毛细血管的存在，认为“肺动脉和静脉之间必定有小的连通或孔隙”。同时，他纠正了先前盖伦和阿维森纳认为心脏有三个心室的理论，并描述了肺部的支气管和多孔结构。

在这本书中，伊本·纳菲斯介绍了许多解剖知识。他首次描述胆囊与肠道没有直接联系，而是通过胆管与另一个导管结合；他指出眼球由六块肌肉控制，描述了视神经纤维以及它们如何穿过大脑的另一侧。他是当时少数支持大脑而非心脏是思维和感觉器官的医生。另外，他还专门用一个章节说明医生应该具备解剖学知识，以便识别器官的状态及它们之间的联系。

伊本·纳菲斯的另一项重要成就是撰写了一套医学教科书《医学综合》（Al-Shamil fi al-Tibb）。他本计划完成一部包含300卷本的百科全书，但到去世前仅出版了80卷，现在能找到的不足30卷。虽然最终未能完成，但该套书籍仍被认为是最丰富的医学百科全书之一。更具价值的是，它对当时伊斯兰医学知识进行了完整总结，包括医学理论、药物与饮食、人体解剖、疾病等，并带动了14到15世纪的伊斯兰学者编写百科全书，以保留当时的科学知识。

伊本·纳菲斯对其他医学领域也有许多贡献。他准确地描述了人体的新陈代谢：“身体及其各个部分都在不断地构建和更新。旧零件被新物质取代。婴儿的身体部位随着年龄的增长而完全改变，并被另一种物质取代。”他对希波克拉底关于地方病的描述进行了评论，并在其中一个案例使用疾病暴发地图的方法来确定疾病源头。在泌尿外科方面，他描述了膀胱输尿管抗反流机制，根据发病机制和临床表现对肾结石和膀胱结石进行了区分，讨论了如何区分膀胱感染、肾脏感染与肠绞痛等相似疾病，列出了碎石药物以及泌尿结石患者的饮食建议。

伊本·纳菲斯是中世纪最具影响力的生理学家之一，对许多医学领域做出了重要贡献，促进了医学知识和医学实践的进步。此外，他在神学、哲学、社会学和天文学等医学之外的领域也多有涉猎。