生物防治通过生态系统物种间的相互抑制关系，能有效控制有害生物，可起到事半功倍，甚至一劳永逸的效果，具有防效长的特点；另外，生物防治可避免农药对环境的污染和残毒的遗留，具有环境安全性好，可长期、无污染控制有害生物等特点，但生物防治不能像化学防控那样能迅速地杀灭或降低有害生物种群数量。

草原鼠害生物防治的途径主要有利用啮齿类的捕食天敌、寄生虫及病原微生物使其致死或利用生物有机体的组成成分、分泌物、代谢产物（合称为生物源制剂）以降低目标种群数量。

利用捕食性天敌防治。捕食性天敌是种群调节的重要外部因子之一。其不仅可通过直接猎杀降低猎物种群数量，而且可通过间接的母体应激效应对猎物种群波动产生长期的影响。

利用寄生性生物防治。寄生物是宿主种群调节的重要外部因子之一，可通过降低害鼠的繁殖及存活而调节害鼠种群数量。常用寄生物包括微寄生物（细菌、病毒、原生动物）和大寄生物（蠕虫、寄生节肢动物）2类，寄生物或致病性生物通常有很高的生物潜能，它们的构造、代谢和生活史非常特化，对宿主具有感染特异性。生物源制剂合成的不育剂可使害鼠种群数量减少。因此，利用寄生物防治的优点是防治目标的专一性，以及对非靶动物和环境的安全性。

在草原生态系统中，鼠类的天敌资源丰富，包括隼形目的大􀅄、红隼、苍鹰、金雕、草原雕、胡秃鹫，鸮形目的长耳猫头鹰、雕鸮，以及雀形目的渡鸦、乌鸦。此外，鼬科、猫科及犬科中的食肉兽等均为鼠类主要天敌。在中国，内蒙古和青海开展的树立鹰架招鹰防治害鼠的试验，取得了一定的成效。在鹰架辐射的10千米范围内，日行性鼠类明显减少。

由于寄生物及其鼠类宿主种类繁多，用寄生物控制害鼠具有广阔的应用前景。国际上在实验室及野外开展的鼠类寄生线虫（肝毛细线虫）对小家鼠和林姬鼠种群数量影响的研究发现，肝毛细线虫对小家鼠和林姬鼠的种群具有一定的调控作用。在泰国，将原生动物肉孢子虫应用于稻田家鼠和黄毛鼠的防治，在投放肉孢子虫毒饵10～14天后，灭鼠率可达到70%～90%，显著降低了鼠害对稻田的危害。澳大利亚利用一种依靠蚊子传播的病毒——黏液瘤病毒控制欧洲兔，取得了较好的控制效果。20世纪70年代，中国科学院西北高原生物研究所开展了鼠痘病毒对北疆小家鼠的感染、传染等研究以及灰仓鼠、柽柳沙鼠和草原兔尾鼠对沙门氏菌的感受性的研究；21世纪初，还开展了艾美尔球虫对高原鼠兔防控技术的研究，均取得了一定的进展。

C型肉毒素是在中国草原地区使用较广的微生物代谢物，自1988年大面积应用于草原鼠害防治以来，先后在全中国草原地区试验和推广，防治的鼠种有高原鼠兔、藏鼠兔、达乌尔鼠兔、甘肃鼢鼠、高原田鼠、黄兔尾鼠、长爪沙鼠、达乌尔黄鼠等。施用浓度为0.1%～0.12%的C型肉毒素毒饵，防后第八天的校正灭杀率可达90.2%～99.30%。为适应多种生态环境并作用多种害鼠，可用广谱杀鼠剂D型肉毒素替换C型肉毒素来防控草原害鼠。