金关工程以提高对外经济贸易及相关领域的现代化管理水平和宏观调控能力为目的，与金桥工程和金卡工程一起，统称为“三金工程”。1993年，国务院提出实施金关工程，以推动海关报关业务的电子化，取代传统的报关方式、节省单据传送的时间和成本。2001年，金关工程正式启动。“金关”的核心有两块：一是海关内部的通关系统；二是外部口岸电子执法系统。基于在海关内部的联通基础上，由海关总署等12个部委牵头建立电子口岸中心，又称“口岸电子执法系统”，利用现代信息技术，借助国家电信公网，将外经贸、海关、工商、税务、外汇、运输等部门分别掌握的进出口业务信息流、资金流、货物流的电子底账数据，集中存放在一个公共数据中心，各行政管理机关可以进行跨部门、跨行业的联网数据核查，企业可以上网办理出口退税、报关、进出口结售汇核销、转关运输等多种进出口手续。

金关工程主干网建设。1996年初，外经贸部按照国务院信息化工作领导小组要求，正式向国家计委申请工程立项。在中编办、国家发改委、财政部、信息产业部的支持下，外经贸部先后通过了网络规划论证、立项和运营许可等，完成了主干网通信平台、数据交换平台、信息平台和网络备份工程建设，并在全国97个省市设立了网络节点，实现了与各地外经贸管理机关、部分企业和中国驻外经商机构的联网，实现了与相关部委的联网。1999年底，国家信息化领导小组正式批准外经贸部作为国家第八个独立的互联网接入单位，构架中国经济贸易互联网，为21世纪中国对外经济贸易的现代化奠定了重要基础。

金关工程的标准体系。进出口企业代码作为行业标准投入实际应用。外经贸部按国家标准制定了《中华人民共和国进出口企业代码管理办法》和配套措施，建立了全国进出口企业代码数据库。此外，外经贸部还组织完成了一批电子报文格式标准和外贸单证格式标准。海关总署牵头编制的进出口商品代码也已完成，并开始推广应用。

金关工程的安全体系。由外经贸部承担的国家“九五”科技攻关项目——“商业电子信息安全认证系统”已经完成。这是中国第一个自主开发、具有自主版权的电子安全认证系统。

金关工程包括4个应用系统。

①配额许可证管理系统。外经贸部在与美国、欧盟、加拿大、土耳其等国海关实现纺织品配额联网核查的基础上，完成了与全国62个许可证签证机关的计算机联网管理和电子数据网上核查。截至2000年底，累计通过该系统申领和发放进出口许可证超过106.8万份，涉及金额超过535亿美元。2000年，外经贸部与海关总署联合发文，从2000年10月1日起，在全国许可证发证机关和海关口岸全面试行进出口许可证联网核销。1998年10月，外经贸部通过金关工程主干网首次实现了纺织品被动配额电子招标。截至2000年底，外经贸部共进行电子招标115次，其中涉及纺织品配额21大类，主动配额17大类，仅2000年就涉及企业9549家次，大幅度降低了招标成本。外经贸部所有招标商品已全部实现了电子招标。同时，外经贸部还先后开发和投入使用了全国进出口商品配额执行情况反馈系统、进出口许可证发证查询系统、对韩国大蒜联网审批管理系统等一批电子贸易管理系统，有效提高了科学化、规范化、网络管理服务水平。

②进出口统计系统。原始数据由海关产生，外经贸部利用海关联网传输的清关数据开发生成了80多种业务统计报表，为部机关和有关单位提供服务。海关总署还依托此系统积极推动口岸电子执法系统的开发与应用，实现电子报关与监管核销，加快通关的网络化和自动化步伐。

③出口退税系统。税务总局利用“金税”工程加快实现与全国税务系统的专线联网，并通过拨号方式实现了与外经贸部的联网（正在实施专线联网），通过互联网实现了与海关总署、外汇管理局的计算机联网。税务总局已开发完成出口退税网络版，正调试运行，并希望与外经贸部开展联网退税试点。同时，提出与外经贸部联网举办电子退税培训班。

④出口收汇和进口付汇核销系统。外汇管理局正通过银行专用网络加快实现与全国主要外汇管理机关的联网，已实现与外经贸部的拨号联网（正实施与外经贸部的专线联网），并将与外经贸部实现对外承包工程投议标联网审批、技术引进和设备进口联网审批等。通过互联网实现了与海关口岸电子执法系统的连通，传输外汇核销单，初步实现了报关单电子底账的计算机核查等。此外，外经贸部初步实现了全国加工贸易联网审批，并与海关协调实现联网监管。