中国电子政务系统的平面结构，横向上由核密网、政务内网和政务外网构成。政务内网主要为副省级以上部门的办公网，与副省级以下部门的办公网物理隔离。政务外网是政府的业务专网，主要运行政务部门面向社会的专业性服务业务和不需在内网上运行的业务。纵向上由国家基础网络设施，统一授权授信安全支撑平台，基于Web Service、XML的电子政务业务应用支撑平台及应用中间件，各种政务业务应用系统组成。

从行政区划和层级角度上来看，中国电子政务体系是一个非常复杂的系统。中国电子政务体系横向分为4个层面：国家级电子政务系统、省级电子政务系统、地（市）级电子政务系统和县（市）级电子政务系统。横向的电子政务系统主要侧重同一层面上各政府机关和业务系统之间的行政管理和协作；纵向各政府职能部门按条线序列构成电子政务系统，如党中央—省委—地（市）委—县（市）委、国务院—省政府—地（市）政府—县（市）政府、工商总局—省工商局—地（市）工商局—县（市）工商局等。纵向的电子政务系统主要侧重同一条线上各级政府部门和业务系统之间的业务处理。