在“北斗”号卫星中，由于载荷系统需要的基准频率主要为多路原子钟输出的正弦波信号和基准频率合成器输出的正弦波信号，而且这些信号之间不能相互干扰。

在“北斗”号卫星中，频标分配单元的主要功能是对输入的4路10兆赫信号进行选择、分路，对输入的2路10.23兆赫信号进行选择分路，主要功能包括：①10兆赫原子钟信号的切换和分发。频标分配单元通过接收遥控指令，设置开关的状态，选择两台原子钟的信号分别输出给两个分路器，第一级分路将选通的两路原子钟信号多分路输出，可以为系统提供可测试的10.23兆赫卫星钟信号。第二级分路器将第一级分路输出的10兆赫信号再次分路，分发给其他功能载荷。②10.23兆赫基准频率信号的切换和分发。频标分配单元通过接收遥控指令，设置开关的状态，选择将基准频率信号输出，并进行多路分路，分发给其他功能载荷。同时为系统提供可测试的10.23兆赫卫星钟信号。