激光共焦显微镜的原理是利用激光束经照明针孔形成点源对标本内焦平面上的每一点扫描，标本上的被照射点，在探测针孔处成像，由探测针孔后的光电倍增管或冷电耦器件逐点或逐线接收，迅速在计算机监视器屏幕上形成荧光图像。

激光共焦显微镜主要应用领域有：生物领域，包括细胞形态学分析、荧光原位杂交研究、基因定位研究及三维重建分析；医学领域，包括生物学、神经科学、耳鼻喉学、肿瘤学、内分泌学、血液病、眼科应用、肾脏病等，如活细胞生理信号的动态监测、细胞内离子的测定、肿瘤细胞的二维图像分析、免疫细胞化学研究、血细胞形态及功能研究、肾小球系膜细胞的三维立体影响观察等。