港口水域工程主要包括进港航道、锚地、港池等。

进港航道是船舶的进出港口的通道。要保证船舶安全方便地进出，航道必须有足够的深度和宽度、适当的位置、方向和弯曲度，并需要避免影响船舶正常航行的水流、风浪和泥沙淤积。当天然水深能满足通航要求时，无须人工开挖航道，但要求标志出船舶进出港口最安全方便的路线。在水深不足的区段，须开挖人工航道。沿海及河口区人工航道常利用潮汐的周期性涨落，乘高潮时段进出，以减小航道开挖和维护量。例如，中国南通港洋口港区10万吨级航道，利用了当地潮差较大的优势，设计深度11.6米的航道可满足10万吨级船舶乘高潮通航。

锚地是供船舶在水上抛锚以便安全停泊、避风防台、等待检验引航、从事水上过驳、编解船队及其他作业的水域。一般选择水深适宜、水底平坦、锚抓力好、有足够面积，以及风浪较小、远离礁石、浅滩的水域作为锚地。当水深或其他条件不能满足上述条件时，需实施疏浚等工程。锚地应由港口主管部门设定，并在海图上明确标出。

港池是直接和港口陆域毗连供船舶靠离码头、临时停泊和调头的水域。港池布置，应根据船舶尺度、船舶靠离码头方式、水流和风浪的影响等确定。按港池构造形式，分为开敞式港池、封闭式港池和挖入式港池。开敞式港池内不设闸门或船闸，水面随水位变化而升降；封闭式港池内设有闸门或船闸，用以控制水位，适用于潮差较大的沿海地区；挖入式港池在岸上开挖而成，多用于岸线长度不足、地形条件适宜的地方。