1865年创刊。初名《每日要闻纪事报》。受益于旧金山城市的发展，1880年成为美国西海岸发行量最大的报纸。第二次世界大战至1971年，报纸采用略具大胆与挑衅的方式报道新闻。与《旧金山检查者报》之间的竞争造成了两份报纸的财务损失，为此1965年夏天双方达成了“联合经营协议”。根据协议，《旧金山纪事报》成为旧金山唯一的晨报，《旧金山检查者报》改为午后发行。负责管理两份报纸的旧金山报业局平均分配两报收入，这使得发行量大的《旧金山纪事报》贴补了《旧金山检查者报》。两报联合出版了星期日刊，共享分类广告运营平台。这种情况直至2000年赫斯特公司购得报纸所有权后结束。报纸注重在郊区的发展。拥有两家网站，一家是混合了在线新闻与网络功能的SFGate，一家是报纸在线版本的sfchronicle。在2000年转为自由小报后，报纸成为旧金山地区的唯一宽版日报。2009年进行了大规模改版，成为全美第一份使用高光纸印刷的报纸。该报多次获得普利策新闻奖，报道重心由原来的国内及国际新闻，转向地方新闻及文化娱乐评论，并设有关于建筑的主题专栏。