生态清淤工作包括底泥污染状况调查评估、清淤范围与规模确定、清淤工艺设计与设备比选、底泥运输、处置与资源化利用、监测方案设计、生态清淤实施、生态清淤效果评估等。生态清淤与一般工程清淤有差异（见表）。

生态清淤是河湖生态修复的重要措施之一。发达国家和地区从20世纪70年代就开始生态清淤技术开发和设备研制，并实施了以改善湖泊水质为目的的湖泊底泥生态清淤工程。中国也在多处湖泊开展了底泥生态清淤，如太湖、杭州西湖、滇池、安徽巢湖、云南杞麓湖、长春南湖等。在流动滞缓的污染河流中实施生态清淤是改善河流水质的重要措施，已经实施的河道生态清淤工程，效果良好。

尽管生态清淤具有许多优点，但国际上对河道和湖库底泥生态清淤多持慎重态度，如果清淤方案制定不当或清淤条件不成熟，清淤效果将受到很大影响，甚至会出现严重的生态问题。